當(dāng)時國事日非，海防松弛，倭寇入侵，杜潛奉命整飭薊州等地，任薊州兵備道員，領(lǐng)兵御倭。轄境為今天津市和河北省三河、玉田、豐潤、遵化等縣，為京畿防衛(wèi)重點(diǎn)。他組織和督導(dǎo)軍民抗敵，戰(zhàn)績卓著，后遭讒言陷害被殺。萬歷四十三年（1615年）昭雪，敘功追加兵部尚書，立碑于高唐城西墓道。

明萬歷年間，杜潛曾奉調(diào)整飭魝州等地防倭事務(wù)。后日本關(guān)白（官銜）平臣秀吉發(fā)兵進(jìn)攻朝鮮，杜潛又入朝與倭寇作戰(zhàn)。

時有泰安人蕭太亨，為錦衣衛(wèi)，對杜潛心存嫉妒。杜潛因與之為山東同鄉(xiāng)并不戒意，且時有往來。一日閑談，蕭太亨稱，自己生平還未見過韃子（指北方少數(shù)民族或朝鮮族人，當(dāng)時北方少數(shù)民族不屬明朝）。杜潛不知是計，便答應(yīng)送兩個韃子給蕭太亨。后來，杜潛從家奴中找出兩個朝鮮族人送與蕭太亨。蕭太亨即密奏萬歷皇帝，誣陷杜潛里通外國。萬歷下旨，將杜潛交刑部問罪，判以斬刑。萬歷四十三年（1615年），蕭太亨犯事。經(jīng)略宋應(yīng)昌、東征提督李如松全力對杜潛事上諫，方得昭雪。萬歷皇帝下詔追加杜潛為兵部尚書，按尚書禮重新安葬，并賜予金頭。立碑于高唐城西墓道。

杜潛臨刑時，頭被砍落，身軀久立不倒。出殯那天，杜潛舉家哭聲震天。杜潛的女兒說：“金頭、銀頭、都不如俺爹的肉頭。”