她出生于前120年，是 托勒密九世和克利奧帕脫拉·塞勒涅一世的女兒。后來在前101年， 托勒密十世奪取托勒密九世的王位，并殺了自己的母親，即貝勒尼基三世的祖母克麗奧佩脫拉三世后，與貝勒尼基三世結(jié)婚。然而當托勒密九世把王位奪回來后，貝勒尼基三世也被迫下臺。前81年托勒密九世逝世后，貝勒尼基三世再度登上女王之位，這次僅僅統(tǒng)治六個月，但這段期間深受民眾愛戴。

后來她被迫嫁給 托勒密十一世，托勒密十一世并在19天后殺了她。這個舉動讓人民相當氣憤，發(fā)動暴動幾天內(nèi)就殺了托勒密十一世。