歐洲理事會(huì)實(shí)行輪值主席國(guó)制，每個(gè)國(guó)家任期半年。在每年的1月1日和7月1日輪換主席國(guó)。由輪換主席國(guó)的國(guó)家元首或政府首腦出任歐洲理事會(huì)輪值主席。

2009年，捷克法院裁定里斯本條約沒(méi)有違憲后，里斯本條約正式通過(guò)，歐洲理事會(huì)設(shè)立常任主席一職。2009年11月20日，歐盟27個(gè)成員國(guó)于比利時(shí)布魯塞爾舉行高峰會(huì)，選出首任常任主席，競(jìng)爭(zhēng)者包括前英國(guó)首相布萊爾及荷蘭首相揚(yáng)·彼得·巴爾克嫩德等人。經(jīng)過(guò)選舉決定，第一任主席為比利時(shí)首相赫爾曼·范龍佩，2010年1月起就職。2014年12月1日，唐納德·圖斯克正式就任歐洲理事會(huì)主席，成為歐洲理事會(huì)第一個(gè)來(lái)自前社會(huì)主義國(guó)家的主席。