1998年長江流域發(fā)生洪澇災(zāi)害，在肝癌晚期的情況下，他一直戰(zhàn)斗在長江抗洪前線，最后病倒在長江大堤上。吳良珠從投入抗洪搶險到病倒住院的50多天里，始終以生命不息、戰(zhàn)斗不止的鋼鐵意志，與洪水進(jìn)行殊死搏斗。他家遭受水災(zāi)，四過家門而不入，在抗洪搶險的緊要關(guān)頭，既當(dāng)駕駛員又當(dāng)搶險突擊隊員，哪里任務(wù)最艱巨、情況最危急，就沖向哪里，帶著重病頑強(qiáng)拼搏，多次昏倒在大堤上和洪水中。在癌細(xì)胞廣泛擴(kuò)散、病情十分危急的情況下，他仍惦記著大堤的安全，想著為災(zāi)區(qū)捐款。

8月30日，《解放軍報》和中央電視臺相繼報道了安慶軍分區(qū)專業(yè)軍士吳良珠在抗洪斗爭中的英雄事跡，主持中央軍委日常工作的副主席張萬年感動得流下了淚水。他專門打電話向時任南京軍區(qū)司令員陳炳德了解情況，并要求有關(guān)方面對英雄的搶救工作“要給予全力支持”。（《張萬年傳》下冊，326頁）

1998年9月10日，中央軍委主席江澤民簽署命令，授予吳良珠“抗洪鋼鐵戰(zhàn)士”榮譽稱號。吳良珠在與病魔搏斗了70天后，于10月31日病逝，年僅26歲。11月3日，南京軍區(qū)政治部批準(zhǔn)吳良珠為革命烈士。

楊柳低垂，白云悠悠。在安慶市的蓮湖公園湖畔，安放著一位年輕軍人的半身銅像。銅像的基座上銘刻著“抗洪鋼鐵戰(zhàn)士——吳良珠”。