明嘉靖年間，倭寇騷擾閩海，為害甚烈。寧德縣城，幾經(jīng)兵燹，時(shí)稱(chēng)寧德“倭深難治”，官吏視為畏途。嘉靖四十二年(1563年)，時(shí)芳奉命蒞任。他目睹寧德兵災(zāi)后慘景,并不畏縮，招集流亡,銳意率邑民重建家園。當(dāng)時(shí)，縣邑屢遭倭害，加之漳灣惡少協(xié)從倭兵，為虎作倀，進(jìn)城燒殺搶掠(時(shí)稱(chēng)“偽倭”)�？h民大多“匿山谷”或流亡他鄉(xiāng)。時(shí)芳率衙役,“微服巖谷間”，捕得這類(lèi)惡少，當(dāng)眾杖斃其魁首數(shù)人，使之收斂氣焰。接著，他又召集城內(nèi)遺民，備加撫慰。時(shí)芳含淚對(duì)他們說(shuō)：“予來(lái)?yè)崞澘h，必域爾于奠，安敢玩禍棄民，罪孰予逭！”眾人無(wú)不被他的精誠(chéng)所打動(dòng)。五月，戚繼光清剿連江馬鼻倭兵之后北上，在霍童小石嶺全殲漳灣逃敵，寧德倭患遂靖。時(shí)芳即于通衢貼出告示，又敦請(qǐng)留城者勸其親屬返回。他著手重筑縣城的艱巨工作,偕僚屬商討新城方位、基址、規(guī)模,乃至“召良工，采巨石，經(jīng)緯錯(cuò)?”等有關(guān)事宜�？h署里燈火常通宵達(dá)旦。筑城費(fèi)用約需五千一百多金，而上司僅預(yù)撥藩帑二千金。他還多方籌措筑城經(jīng)費(fèi)。一面向上申請(qǐng)籌足前期資金,一面帶頭捐出全部薪俸。不敷之?dāng)?shù)，始向民間募捐。百姓被他的精神所感動(dòng)，筑城費(fèi)用很快籌足。初秋動(dòng)工。時(shí)芳布衣簡(jiǎn)從，奔波于工地,親自督役，風(fēng)雨無(wú)阻�！叭詹诲厥�、夜不安寢”，他與民工席地共餐，淡飯蔬食，亦津津一飽�？喔闪艘荒甓�,嘉靖四十三年冬，一座“規(guī)制峻整，屹然金湯”的新縣城竣工。舉邑同慶，歡聲雷動(dòng)。

林時(shí)芳為根除縣治瘡痍、生民困頓,動(dòng)員邑人修整被毀民舍，重建公署和廟學(xué)，開(kāi)鑿城池。當(dāng)時(shí)鹽貴民貧，他弛鹽禁并曉諭鹽商不得高價(jià)累民。他申誣獄，釋無(wú)罪,獎(jiǎng)勉農(nóng)耕,興辦書(shū)院,撫恤窮丁,懲罰誣賴(lài),嚴(yán)禁徇私舞弊,杜絕時(shí)節(jié)送禮,取締一切私派等等。時(shí)人稱(chēng)頌他“百計(jì)安民，民賴(lài)以蘇”。

嘉靖四十五年冬，時(shí)芳因政績(jī)卓著，升任獨(dú)山(屬貴州黔中道)太守。消息傳開(kāi),沿途幾十里之內(nèi),百姓遮道相送，依依惜別。人們留其衣冠，塑其生像，立生祠于縣治城隍廟之左。州人林愛(ài)民為撰《林大尹重城寧德記》,紀(jì)其筑城撫民之功績(jī),今碑刻仍立南漈公園“時(shí)芳亭”內(nèi)。