順治元年，授永平知府。三年，遷霸州兵備道。授知州張儒策，諭降土寇李振宇等數(shù)百人，擢僉都御史。四年，加右副都御史，授操江巡撫。金聲桓以江西叛，日芃親督兵屯小孤山磨盤洲，令同知趙廷臣、參將汪義、游擊袁誠等迎擊。五年，戰(zhàn)於彭澤，得舟二十馀，寇中炮及溺死者無算。六年，裁安徽巡撫，命日芃攝其事。土寇余尚鑒挾明宗室統(tǒng)锜<勹九>聲桓馀黨據(jù)險為二十馀寨，掠桐城、潛山、太湖諸縣。日芃遣副將梁大用等督兵討之，克皖澗寨，進圍飛旗寨，斷水道，分兵四路合擊，拔之。又破桃圍等寨，擒戮統(tǒng)锜、尚鑒，馀大小和山等十八寨皆降。九年，加兵部侍郎。十年，討平徽州赤嶺土寇張惟良。十一年，甄別直省督撫，加兵部尚書。明將張名振屢自海入江犯鎮(zhèn)江、瓜州，劫漕艘。日芃令於鎮(zhèn)江檀家洲測江水，淺則植椿，深則編筏，環(huán)以鐵索，阻來舟。兩岸置炮，南自鎮(zhèn)江至圌山，北自瓜洲至三江口，建新堤，設木橋，通巡兵往來。令圌山、瓜洲等四營守備更番督水師防御。五里置一汛，譏察詳密。諸寇匿江為藪，俘斬略盡。十二年，加太子太保。旋卒，謚忠敏。