1932年任上海市衛(wèi)生局長，直至1937年上海失陷。在任5年，先后致力健全下屬機(jī)構(gòu)，并為我國首創(chuàng)滬北戒煙(鴉片毒品)醫(yī)院，使不少癮君子獲得新生。1937年“八·一三”淞滬抗戰(zhàn)爆發(fā)后，積極開展救死扶傷工作，同時受聘設(shè)在日內(nèi)瓦的國際聯(lián)盟為駐中國華南防疫專員，又任內(nèi)政部衛(wèi)生署戰(zhàn)時全國醫(yī)療防疫總隊(duì)總隊(duì)長。1939年到重慶，任中央醫(yī)學(xué)院教授。1942年衛(wèi)生署委任其創(chuàng)辦中央衛(wèi)生實(shí)驗(yàn)院，并兼任院長。1943年任四川華西大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授兼附屬醫(yī)院院長。

抗戰(zhàn)勝利后，李回到廣東接任嶺南大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長(即廣州長堤孫逸仙紀(jì)念醫(yī)學(xué)院，今并入中山醫(yī)科大學(xué))，兼任該院附屬醫(yī)院(博濟(jì)醫(yī)院)院長，同時取得聯(lián)合國善后救濟(jì)總署廣東分署的援助，及請求中央衛(wèi)生署撥款，在中山市惠福西路興建廣州中央醫(yī)院(解放后改稱廣東省人民醫(yī)院)。于1948年5月逝世。著有《中國農(nóng)村衛(wèi)生問題》、《國力與健康》、《中外醫(yī)學(xué)史概論》、《公共衛(wèi)生學(xué)》等。后者全書達(dá)百萬字，未及出版，其家屬于1950年送中南區(qū)衛(wèi)生部保存，以供研究。