仁祖死后，孝明翁主的嫡兄長李淏即位為朝鮮國王，是為朝鮮孝宗。孝宗念在庶弟、庶妹幼小喪父及仁祖無法在有生之年看著他們成長便對他們賞賜及照顧有加。然而在孝宗二年（1651年）時前領(lǐng)議政金自點(diǎn)意圖擁立其親弟崇善君李澂為朝鮮國王失敗，以及生母趙貴人牽涉叛亂與宮內(nèi)詛咒一事，轉(zhuǎn)而查出牽涉詛咒宮人當(dāng)中有孝明翁主的婢女，宮女們供出翁主將人骨粉屑散鋪于大殿內(nèi)和麟坪大君家, 其余的兇穢物品也多埋藏在不同的地方。隔月，朝廷大臣以毀壞宗廟社稷的亂臣賊子為由，要求將孝明翁主按律處死，然而孝宗不同意，只將其夫金世龍捉拿。 孝宗三年（1652），由于罪證確鑿，大臣要求將孝明翁主如同生母趙貴人一樣被賜死，但孝宗沒有同意，只是將翁主發(fā)配到中道，趙貴人被賜死，兩位弟弟則是被削爵并流配。

孝宗三年（1652），孝宗令廢貴人趙氏，孝明翁主，樂善君及崇善君等人名字從璿源錄當(dāng)中除去，但由于他們畢竟都是仁祖的兒女，百官表示折衷方式以名記錄而不紀(jì)官爵，并注明生母趙氏罪大惡極。

孝明翁主何時被廢位，實(shí)錄沒有明文紀(jì)載，只知是宋時烈上書要求將其廢位，后以罪人身份被流放到海島，并以金世龍妻相稱。孝宗于九年（1658）時，感嘆的表示，趙貴人所出子女皆是他的兄弟姊妹，看到骨肉們受刑，流放，生活過的艱辛，也于心不忍。孝宗表示想讓庶弟，庶妹們在不復(fù)位的情況下返回京城安置，并好好照顧。大臣表示可以接受。

肅宗二十六年（1700），孝明翁主去世。肅宗命人替其處理后事，欲以其生前封爵稱呼，但承政院認(rèn)為金世龍妻犯下逆謀大罪，從海島回到京都，這是先王的仁德，雖然，她被釋放，但犯下逆謀大罪是事實(shí)，不可抹去，而且，過去五十年間都沒有恢復(fù)她的封爵，也不該以生前封爵相稱，更不可在璿源錄中做更改，肅宗默許承政院的諫言

在韓劇《宮中殘酷史》中李彩美飾演孝明翁主