同年秋，抗日戰(zhàn)爭勝利，第二分校撤銷，并入成都本校，改為第二十一期。1946年12月畢業(yè)，分發(fā)空軍入伍生總隊任少尉教育班長。 1948年，馬文興隨空軍遷臺，進(jìn)駐大鵬灣。不久，空軍入伍生總隊改為空軍預(yù)備學(xué)校，馬文興以自己陸軍出身，請調(diào)湖口陸軍。1950年3月，馬文興任第二0七師第六二0 團(tuán)第二營第五連中尉副連長兼第一排排長，不久，調(diào)步兵第三連連長。曾保送步兵學(xué)校初級第十五期接受美式教育，以第一名成績畢業(yè)。1953年，馬文興以第一名成績考入政工干校第三期研究班，1955年夏以訓(xùn)導(dǎo)及學(xué)術(shù)成績第一名畢業(yè)后，分發(fā)海軍服役，任王泉艦指導(dǎo)官。繼調(diào)德安艦，駐防馬祖、金門，曾參加閩江口戰(zhàn)役，獲陸軍海軍甲等二級獎?wù)�。“八·二三”炮�?zhàn)前夕調(diào)升太湖艦，在解放軍炮火打擊下，駐防金門擔(dān)任護(hù)航任務(wù)40余日。不久調(diào)咸陽艦，曾率艦出訪美國。獲頒海軍勛章，同時當(dāng)選“國軍”第十一屆克難英雄。1960年底，馬文興調(diào)馬祖巡防處政戰(zhàn)室主任。后調(diào)總部干管一處副處長，曾入政治研究班第十六期受訓(xùn)。1969年，馬文興調(diào)巡防第二艦隊政戰(zhàn)主任，一年后調(diào)兩棲訓(xùn)練中心政戰(zhàn)主任。

1972年，馬文興調(diào)“國防部”總政戰(zhàn)部一處副處長。1976年，馬文興調(diào)回海軍艦令部任政戰(zhàn)副主任。1977年，馬文興調(diào)任海軍軍官學(xué)校政戰(zhàn)部少將主任。次年1月晉升少將。曾增訂學(xué)生“教戰(zhàn)總則”，數(shù)年后由郝柏村明令三軍實(shí)施。1980年，馬文興調(diào)艦令部政戰(zhàn)部主任。1982年，馬文興調(diào)海軍總司令部政戰(zhàn)部副主任。1983年8月1日，馬文興調(diào)“行政院”國軍退除役官兵輔導(dǎo)委員會高雄市聯(lián)絡(luò)中心簡派主任。1987年8月16日，聯(lián)絡(luò)中心改組為“高雄市榮民服務(wù)處”，馬仍任處長。1988年10月31日，馬文興任高雄市榮民技術(shù)勞務(wù)中心主任，后任欣嘉石油氣公司總經(jīng)理兼董事。曾當(dāng)選國民黨第十三屆代表大會代表。2004年9月5日，馬文興因腦血管病變逝世，終年78歲。