他出生在德國的西里西亞的首府布雷斯勞猶太人社區(qū)，父親為猶太商人，他在兄弟三人中據(jù)長且早熟。其父對其教育不惜余力，費迪南德每回憶其過于用功的幼年時仍感憂傷。他在布雷斯勞接受高等教育，但該校不接受猶太人攻讀博士學(xué)位，十九歲就進了更自由的柏林大學(xué)攻讀哲學(xué)博士。1850年他成為布雷斯勞大學(xué)講師，1859年成為該校植物學(xué)特任教授，1866年在該校建立世界第一個植物生理學(xué)研究所，1871年為常務(wù)教授，1872年為所長。

早年研究著重于單細(xì)胞藻類（最低等的植物），他對下列原則應(yīng)用于單細(xì)胞藻類：只能用顯微鏡觀察其發(fā)育的各時期，借此了解其生長階段；就好比可借直接觀察連續(xù)查明爍樹和蕨類幼年和成年的形態(tài)。對于某些藻類生活史的闡釋，至今仍有極大價值。1855年他幫助確定藻類，特別是環(huán)藻屬，存在著性過程，他對藻類分類也作出了很大的改革。

約1868年他開始研究細(xì)菌，他也是第一個嘗試將各種細(xì)菌作有系統(tǒng)地分門別類的人。到那時為止，路易斯·巴斯德等人滿足于一個頗為混亂的人為的命名系統(tǒng)，科恩以基本形態(tài)差異為基礎(chǔ)，建立其細(xì)菌分類系統(tǒng)，將細(xì)菌分為四組6屬（球形狀，短桿，線，和螺旋）。但又指出細(xì)菌分類不能僅以形態(tài)為基礎(chǔ)，生物學(xué)化學(xué)特性也是很重要的分類依據(jù)。

1870年科恩創(chuàng)辦《植物生物學(xué)文稿》雜志， 他在其中起了很大作用，以致該雜志被稱為“科恩文稿”。許多細(xì)菌雪的奠基性文稿即發(fā)表于該雜志�？贫髡J(rèn)為細(xì)菌是一種植物，并進一步研究認(rèn)為細(xì)菌能導(dǎo)致傳染性疾病。科恩最大的貢獻之一是發(fā)現(xiàn)某些細(xì)菌（尤其是枯草桿菌）能形成孢子和以孢子行生殖作用。他也最早認(rèn)識到內(nèi)孢子能耐高溫。他通過實驗破斥了那些認(rèn)為在高溫下所有細(xì)菌都能被殺死的謬論。1876年，他協(xié)助當(dāng)時尚不知名的鄉(xiāng)村醫(yī)生羅伯特·科赫（Robert Koch）完成了關(guān)于炭疽（anthrax）的研究報告。這是歷史上第一份全面記載細(xì)菌疾病的研究報告。是他認(rèn)識到科赫是一位善于科學(xué)研究的專家，并把他推薦到帝國衛(wèi)生局任職。1885年他獲得了微生物界的最高勛章---列文虎克勛章。

費迪南德·科恩（德語：Ferdinand Julius Cohn）及羅伯特·科赫建立了微生物學(xué)�？贫髟谑罆r即被公認(rèn)為當(dāng)世最偉大的細(xì)菌學(xué)家。他確立了這樣的概念：細(xì)菌能根據(jù)其形態(tài)和生理特征劃分為不同的種；發(fā)現(xiàn)細(xì)菌內(nèi)孢子，從而促進消毒技術(shù)的發(fā)展，并駁斥自然發(fā)生說；并因這些成就而出名。但他最大的成就也許是按照嚴(yán)格而系統(tǒng)的方法來研究細(xì)菌、藻類和其他微生物的生活史。