何塞·華金·佩雷斯·馬斯卡亞諾，1801年5月6日出生于西班牙帝國智利都督轄區(qū)圣地亞哥（今智利圣地亞哥）的一個貴族家庭，他的父親圣地亞哥·安東尼奧·佩雷斯·薩拉斯在智利共和國成立后曾擔(dān)任眾議員，母親是露絲·馬斯卡亞諾·拉臘因。

佩雷斯早年在圣地亞哥市的圣路易斯學(xué)院學(xué)習(xí)，后前往智利國家學(xué)院學(xué)習(xí)，1814年國家學(xué)院關(guān)閉后，他前往圣阿古斯丁修道院繼續(xù)接受教育，后前往圣費利佩大學(xué)攻讀法律。

佩雷斯1826年5月作為圣費利佩市代表當(dāng)選為眾議員，當(dāng)年7月4日正式就職，同年他被智利政府任命為駐美國和墨西哥公使，1827年6月22日結(jié)束眾議院任期，之后他前往美國和墨西哥，就任公使職務(wù)，佩雷斯擔(dān)任公使期間，在美國首都華盛頓居住了兩年，期間他訪問了美國的多所學(xué)校，深受美國三權(quán)分立政治體制的影響，換取了美墨兩國對智利獨立的承認，1829年佩雷斯被智利政府任命為駐法國巴黎公使，在法國擔(dān)任公使期間，他拜會了流亡法國的南美解放者何塞·弗朗西斯科·德·圣馬丁·馬托拉斯，使法國承認了智利的獨立地位；1834年返回智利，1836年佩雷斯作為智利政府公使出使阿根廷，促使智利與阿根廷組成聯(lián)盟對抗安德烈斯·圣克魯斯領(lǐng)導(dǎo)的秘魯-玻利維亞邦聯(lián)，當(dāng)年他正式出任智利駐阿根廷公使，1840年，佩雷斯完成公使任期，之后返回智利。

1834年3月，佩雷斯作為圣地亞哥市代表當(dāng)選為眾議員，6月1日正式就職，他在1837年、1840年、1843年和1846年分別作為伊塔塔市、普查凱市、庫里科市和圣地亞哥市的代表連選連任眾議員職務(wù)，1849年3月他再次作為圣地亞哥市代表當(dāng)選為眾議員，當(dāng)年6月1日正式就職，1852年6月1日結(jié)束眾議員任期。

佩雷斯1840年12月1日~1841年7月5日出任眾議院副議長，1842年8月5日~10月5日短暫擔(dān)任眾議院議長一職，1844年9月12日~1846年9月22日擔(dān)任曼努埃爾·布爾內(nèi)斯·普列托政府的財政部長，1848年8月4日~1849年6月4日第二次出任眾議院副議長，1849年6月12日~1850年4月19日擔(dān)任內(nèi)政與外交部長，1850年8月5日~1851年6月2日第三次出任眾議院副議長；1852年3月，佩雷斯當(dāng)選為參議員，當(dāng)年6月1日開始參議員任期，任期9年，1855年6月6日~1857年8月5日擔(dān)任參議院副議長，之后他加入智利在任總統(tǒng)曼努埃爾·蒙特·托雷斯創(chuàng)建的智利民族黨，1861年6月1日離任參議員職務(wù)。

1859年，智利內(nèi)戰(zhàn)結(jié)束之后，曼努埃爾·蒙特·托雷斯總統(tǒng)為了安撫自由黨人，指定佩雷斯為總統(tǒng)繼承人，在1861年7月舉行的總統(tǒng)選舉中，佩雷斯作為唯一的候選人被一致推舉為總統(tǒng)，9月18日蒙特總統(tǒng)卸任，佩雷斯正式就職總統(tǒng)一職，1866年以88%的選票（191票）獲得連任。佩雷斯的當(dāng)選不但標(biāo)志著智利開始向自由主義的轉(zhuǎn)變，而且開始了權(quán)力的變更。議會逐漸加強了對總統(tǒng)權(quán)力的制約，從而開始了議會時代。

佩雷斯掌權(quán)后，智利開始了自由共和國時期，他的政府實際上是執(zhí)政的自由黨和保守黨組成的政治聯(lián)盟。佩雷斯執(zhí)政期間，大赦政治犯，有助于國家經(jīng)過1851年和1859年兩次內(nèi)戰(zhàn)后的團結(jié)，同自由黨人結(jié)盟，實行宗教信仰自由政策，1863年在圣地亞哥設(shè)立消防局，1868年規(guī)定蓬塔阿雷納斯為自由港。同年，改良主義者特別是青年人成立了“改革俱樂部”，來促進國家政治的改革。在這期間，政府通過了新的商業(yè)法。佩雷斯政府時期，由于農(nóng)業(yè)、礦業(yè)、商業(yè)和南方伐木業(yè)的發(fā)展，國家財政狀況明顯好轉(zhuǎn)，從首都通往南方及北方的鐵路和公路建設(shè)都有了很大進展，加上農(nóng)村治安力量的加強，形成了交通便利、郵政安全的局面。智利南方的電報發(fā)送已延伸至納西緬托等地。在國民教育方面，以增設(shè)物理、化學(xué)、生物等自然課程為中心的改革取得了重要進展。由于經(jīng)濟發(fā)展，物質(zhì)豐富，智利人口不斷增加。據(jù)1865年人口普查，全國有181.9萬多人，其中78%的人口居住在農(nóng)村，其余40萬人口生活在城市，圣地亞哥就有17萬。佩雷斯執(zhí)政末年，在自由黨、激進黨等反對黨要求下，實行了一項政治改革，規(guī)定共和國總統(tǒng)在憲法規(guī)定的5年任期屆滿后，不得立即再度連任，從而結(jié)束了到佩雷斯為止先后四位總統(tǒng)都連任兩屆的歷史。

智利在很早以前便對阿塔卡馬地區(qū)提出主權(quán)要求，1863年，當(dāng)時屬于玻利維亞領(lǐng)土的太平洋沿岸阿塔卡馬省發(fā)現(xiàn)了大量的硝石礦和鳥糞，這個地區(qū)開始有了極大的商業(yè)重要性，為了解決這個地區(qū)的主權(quán)問題，智利和玻利維亞進行了談判，1866年，玻利維亞總統(tǒng)馬里亞諾·梅爾加雷霍與智利政府簽訂了邊境條約，劃定南緯24度為兩國邊界線，將阿塔卡馬地區(qū)的鳥糞開采權(quán)租讓給智利公司。條約規(guī)定，凡在南緯23度至25度之間地區(qū)發(fā)現(xiàn)和開采的物產(chǎn)，為兩國共同所有；這條界限模糊不清，為日后硝石戰(zhàn)爭（南美太平洋戰(zhàn)爭）的爆發(fā)埋下了隱患。

1863年4月，一支西班牙艦隊抵達智利瓦爾帕萊索港訪問，訪問期間雙方相處十分融洽，但該艦隊抵達秘魯后，其指揮官以在秘魯?shù)奈靼嘌廊耸艿角f園主不公正待遇為由，試圖干涉秘魯內(nèi)政，要求秘魯政府按照西班牙的要求解決問題，遭秘魯政府拒絕后，西班牙艦隊占領(lǐng)了秘魯?shù)臍J查群島，封鎖了部分太平洋沿岸港口，試圖迫使秘魯就范，西班牙艦隊在秘魯?shù)乃�作所為在智利國�?nèi)引起軒然大波，1864年9月27日，西班牙炮艦在智利洛塔港加煤時，佩雷斯總統(tǒng)宣布煤為戰(zhàn)略物資，不得出售給交戰(zhàn)國家，同時暗中派軍隊支援秘魯?shù)挚刮靼嘌溃?865年9月17日，西班牙艦隊到達智利的瓦爾帕萊索港，要求智利鳴響禮炮21響致敬，佩雷斯認為這是西班牙對智利的侮辱，拒絕了其挑釁性要求，同時于9月25日對西班牙宣戰(zhàn)。1866年1月，秘魯與智利結(jié)盟，對西班牙宣戰(zhàn)。不久之后，秘魯、智利、厄瓜多爾和玻利維亞四國簽訂攻守同盟條約，共同抗擊西班牙侵略。欽查群島戰(zhàn)爭爆發(fā)，當(dāng)年3月31日瓦爾帕萊索遭到炮擊，智利隨即進行報復(fù)，開始大量生產(chǎn)和進口武器裝備，還使用了新式的潛水艇襲擊了西班牙軍隊。1866年5月2日，西班牙艦隊向秘魯卡亞俄港發(fā)動攻擊，但之后卻遭到了幾艘現(xiàn)代化裝備精良的秘魯戰(zhàn)艦的強力反擊，西班牙艦隊傷亡慘重，喪失了戰(zhàn)斗力，被迫逃離太平洋，返回國內(nèi)，戰(zhàn)爭結(jié)束。這場抗擊西班牙侵略的戰(zhàn)爭最終在四國共同的努力下，取得了勝利。

1871年9月18日，佩雷斯總統(tǒng)任滿卸任，自由黨人費德里科·埃拉蘇里斯·薩尼亞圖繼任總統(tǒng)，1872年成為國務(wù)委員會成員，1873年3月，佩雷斯再次當(dāng)選為參議員，當(dāng)年6月1日正式就任參議員職務(wù)，1873年6月2日~1875年6月2日擔(dān)任參議院議長，1882年6月1日卸任參議員職務(wù)。晚年的佩雷斯精力依舊充沛，積極參加各種社會活動和政治活動，1889年7月1日，佩雷斯在圣地亞哥逝世，享年88歲。

佩雷斯1840年9月同特蘭西托·弗洛雷斯·科維達（1820年~1890年）結(jié)婚，兩人共有11個子女，但只有5個女兒和1個兒子活到成年并有姓名記載，他們分別是：瑪麗亞·赫蘇斯·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒，1841年~1892年）、瑪麗亞·德·拉·露絲·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒）、弗洛倫希亞·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒）、特蕾莎·佩雷斯·弗洛雷斯（女兒）、阿黛拉·赫特魯?shù)纤埂づ謇姿埂じヂ謇姿梗ㄅ畠海?846年出生）和何塞·華金·佩雷斯·弗洛雷斯（兒子）。