法那巴佐斯是波斯赫勒斯滂弗里吉亞總督阿爾塔巴左斯之子。在前358年其父親和其他總督發(fā)動(dòng)對(duì)阿爾塔薛西斯三世的叛變，但阿爾塔巴左斯的勢(shì)力終究被國(guó)王軍擊敗，于是阿爾塔巴左斯和法那巴佐斯等人逃到馬其頓王國(guó)，投靠腓力二世，并在馬其頓結(jié)識(shí)了少年的亞歷山大。與法那巴佐斯一同逃到馬其頓避難的一行人中，還包括與法那巴佐斯有姻親關(guān)系的門(mén)農(nóng)。

法那巴佐斯等人之后因門(mén)農(nóng)的兄長(zhǎng)門(mén)托耳向阿爾塔薛西斯三世求情，最后得以返回波斯帝國(guó)。

當(dāng)馬其頓的亞歷山大大帝繼承其父親腓力二世的遺志，開(kāi)始朝亞洲進(jìn)軍，并在格拉尼庫(kù)斯河戰(zhàn)役和哈利卡那索斯圍城戰(zhàn)擊敗波斯的軍隊(duì)。為此，法那巴佐斯輔佐已是妹婿的門(mén)農(nóng)統(tǒng)領(lǐng)波斯海軍，并且計(jì)劃奪取愛(ài)琴海諸島來(lái)迫使希臘諸城邦倒向波斯這一方，也威脅亞歷山大的補(bǔ)給線。門(mén)農(nóng)和法那巴佐斯率領(lǐng)波斯艦隊(duì)成功奪下希俄斯島，接著又前往萊斯博斯島進(jìn)攻，這時(shí)島上僅剩米蒂利尼尚未落入波斯軍手中，而雅典的反馬其頓派政治家狄摩西尼也開(kāi)始鼓吹雅典與其他城邦反叛，這時(shí)斯巴達(dá)國(guó)王亞基斯三世也正在籌備與馬其頓的戰(zhàn)爭(zhēng)。然而門(mén)農(nóng)在圍攻米蒂利尼時(shí)病逝，并把艦隊(duì)統(tǒng)帥權(quán)暫時(shí)交給法那巴佐斯。

在奧托夫拉達(dá)提斯的協(xié)助下，法那巴佐斯攻占了米蒂利尼和忒涅多斯島，掌控赫勒斯滂。法那巴佐斯更在靠近哈利卡那索斯處建造要塞，使亞歷山大的補(bǔ)給線更加岌岌可危，法那巴佐斯還攻占了薩莫色雷斯島、錫弗諾斯島和安德羅斯，并且截?fù)魜啔v山大的補(bǔ)給船。

在前333年當(dāng)斯巴達(dá)國(guó)王亞基斯三世與法那巴佐斯在錫弗諾斯島協(xié)商軍費(fèi)以及對(duì)抗希臘本土馬其頓勢(shì)力的事務(wù)時(shí)，傳來(lái)波斯國(guó)王大流士三世在伊蘇斯戰(zhàn)役戰(zhàn)敗的消息，法那巴佐斯立即打消入侵伯羅奔尼撒的計(jì)劃，并且回到希俄斯島鎮(zhèn)住反叛的希臘人。當(dāng)亞歷山大轉(zhuǎn)向進(jìn)攻腓尼基諸城，使腓尼基和塞浦路斯的艦隊(duì)支持亞歷山大，法那巴佐斯更加孤立無(wú)援。隨著亞歷山大聲勢(shì)越加浩大，法那巴佐斯治下的愛(ài)琴海諸島紛紛反叛，當(dāng)?shù)叵ＥD人并引進(jìn)馬其頓軍隊(duì)，于希俄斯島俘虜法那巴佐斯，但法那巴佐斯在關(guān)押期間偷偷逃走。

關(guān)于法那巴佐斯逃亡后的那段時(shí)期沒(méi)有相關(guān)記錄，但最終法那巴佐斯至少在前324年前投降亞歷山大大帝，在那一年亞歷山大在蘇薩舉辦集體婚禮，并把法那巴佐斯的兩個(gè)姊妹分別許配給歐邁尼斯和托勒密。當(dāng)亞歷山大逝世后，爆發(fā)繼業(yè)者戰(zhàn)爭(zhēng)，法那巴佐斯加入歐邁尼斯一方，并在前321年歐邁尼斯與克拉特魯斯、涅俄普托勒摩斯作戰(zhàn)時(shí)，法那巴佐斯受命率領(lǐng)一支騎兵分隊(duì)，并在那戰(zhàn)役中歐邁尼斯獲得勝利。