葉爾羌汗國(guó)經(jīng)歷從阿黑麻汗以來(lái)近30年的內(nèi)部紛爭(zhēng)，中央政權(quán)削弱，各地諸侯擁兵自重；汗權(quán)衰落，豪強(qiáng)重臣依勢(shì)肆行；宗教勢(shì)力日益強(qiáng)大，操縱國(guó)家權(quán)力。阿布都拉哈汗繼位伊始，就很有魄力地調(diào)配中央和地方的官員，放逐了一批前朝顯貴。不久又在喀什噶爾處死與前朝關(guān)系密切的有名望的人200名，其中有一些宗教上層人士，同時(shí)在葉爾羌也處死了約100人。這些措施有力地打擊了貴族豪強(qiáng)勢(shì)力，避免了異密擅權(quán)，加強(qiáng)了中央汗權(quán)。在鞏固了內(nèi)政后，阿布都拉哈汗對(duì)周邊國(guó)家和部族多次興兵征戰(zhàn)，但這些征戰(zhàn)多屬掠奪性的，并未能擴(kuò)大汗國(guó)的版圖。崇禎十四至十五年(1641～1642年)阿布都拉哈汗率軍出擊吉利吉思人，在阿克賽(今塔什干河與納倫河之間)與吉利吉思軍隊(duì)相遇，發(fā)生激烈戰(zhàn)斗，葉爾羌軍隊(duì)獲勝，取得對(duì)吉利吉思作戰(zhàn)中難得的一次大捷，汗國(guó)西北部邊境地區(qū)得以安寧。

阿布都拉哈汗統(tǒng)治時(shí)期，正是明朝與清朝交替時(shí)期。他繼續(xù)執(zhí)行其父阿都剌因?qū)γ鞒�的政策，和平相處，友好往�?lái)。清順治十二年(1655年)他派使臣去清朝進(jìn)貢，順治皇帝特加賞賜并降詔褒獎(jiǎng)。從此葉爾羌汗國(guó)與清朝建立固定友好的關(guān)系。

阿布都拉哈汗在位中期(17世紀(jì)50年代)，已占據(jù)天山以北地區(qū)的準(zhǔn)噶爾汗國(guó)各部加強(qiáng)對(duì)天山以南地區(qū)擴(kuò)張，積極干預(yù)葉爾羌汗國(guó)內(nèi)政，插手各派勢(shì)力間的爭(zhēng)權(quán)奪利，成為的嚴(yán)重威脅。順治十二至十三年(1655～1656年)以后，準(zhǔn)噶爾不斷入侵天山以南地區(qū)，深入克里雅(今于田縣)一帶，阿布都拉哈汗集結(jié)大軍征討，結(jié)果慘敗于尤勒都斯草原。此后準(zhǔn)噶爾對(duì)葉爾羌汗國(guó)的入侵更加頻繁。阿布都拉哈汗生性多疑，既不信任宗室，也不信任大臣，總是不斷用新貴替代失寵者。引起上層統(tǒng)治集團(tuán)對(duì)他的專制日益不滿。其長(zhǎng)子堯勒巴爾斯汗在白山派和卓大力支持下。勢(shì)力日漸強(qiáng)大，并聯(lián)合準(zhǔn)噶爾鄂齊爾圖汗反對(duì)阿布都拉哈汗。清康熙六至七年(1667～1668年)，阿布都拉哈汗在堯勒巴爾斯汗的強(qiáng)大壓力下放棄汗位，去麥加朝圣，后來(lái)死于印度。

阿布都拉哈汗出走后，汗國(guó)陷于更加深重的內(nèi)亂外患之中，堯勒巴爾斯汗與伊斯瑪業(yè)勒汗在白山派與黑山派的分別支持下激烈爭(zhēng)奪對(duì)汗國(guó)的控制，爭(zhēng)相投靠外敵以自重。準(zhǔn)噶爾汗國(guó)諸部也借機(jī)擴(kuò)充勢(shì)力，支持其內(nèi)戰(zhàn)，康熙十九年(1680年)葉爾羌汗國(guó)滅亡。