鹽城地處蘇北里下河地區(qū)腹部，地勢(shì)低洼，人稱鍋底洼。從南宋建炎二年（1128年）黃河改道南行后，黃、淮經(jīng)常交替為患，鹽城境內(nèi)水災(zāi)頻頻發(fā)生。在楊瑞云任職前及任職期間，就連年發(fā)生災(zāi)害。萬歷元年，淮水暴發(fā)，房屋農(nóng)田被淹沒，人畜傷亡無數(shù)。萬歷二年，海嘯陡起，淮水并溢。萬歷三年，運(yùn)河于清水潭、高家堰決堤十多次，鹽城境內(nèi)一片汪洋。萬歷四年，運(yùn)河決清水潭，黃淮交溢，海嘯陡起。萬歷五年閏八月，水大溢，鄉(xiāng)民的房屋、田地淹沒殆盡，百姓紛紛逃離。萬歷六年，大水災(zāi)。次年，大饑荒，田園荒蕪，各業(yè)凋敝。楊瑞云就是在這樣的情況下到任。

擺在楊瑞云面前的第一件事，就是千方百計(jì)籌措銀兩，賑濟(jì)災(zāi)民，使災(zāi)民有個(gè)基本的生存條件。當(dāng)年，他就籌銀800兩，賑濟(jì)災(zāi)民萬余人。第二年，又籌集2500兩，賑濟(jì)災(zāi)民28000余人，其中，多次自理贖金，并拿出自己的薪俸。萬歷九年六月大雨，禾稼幾沒，楊瑞云呈請(qǐng)都御史凌云翼等籌賑數(shù)千，并決定寬賦稅，有的田租打折征收，有的索性停征，本縣所存積谷悉數(shù)撥出。除自籌賑金3000多兩外，又呈請(qǐng)朝廷撥銀1500兩再賑。

除賑濟(jì)銀兩外，他還為災(zāi)民解決幼畜、生產(chǎn)工具等困難，鼓勵(lì)流民復(fù)歸。僅萬歷七年至九年，就招撫3461戶9696人，占全縣總戶數(shù)的一半以上。

鹽城縣境內(nèi)射陽湖為古代瀉湖的一部分，承擔(dān)調(diào)節(jié)水源、農(nóng)田灌溉的任務(wù)。但至黃河改道后，泥沙大量淤積。特別是嘉靖、隆慶之后，湖漸淤淺，水道堵塞，為害附近州縣。萬歷九年，楊瑞云上報(bào)都御史凌云翼，呈請(qǐng)疏浚，得朝廷批準(zhǔn)，撥銀3000兩。楊瑞云親自勘查，督工開浚，由廟灣新豐市入海，使諸水始有所歸，其后，水災(zāi)漸輕。百姓為彰其功德，在射陽湖畔建楊公墩以示紀(jì)念。

為防海潮倒灌，萬歷八年，楊瑞云又于鹽城東門外建石達(dá)閘，保護(hù)范公堤內(nèi)農(nóng)田不受海水漫溢之苦。鹽城城池，宋時(shí)修土城，明永樂十一年（1413年）建磚城，但只有東西北之朝陽門、安泰門、拱斗門，唯無南門。而城之東南隅居民集中，生活諸多不便，楊瑞云決定另辟南門迎熏門，建樓閣三間，題匾“淮揚(yáng)一覽”，為鹽城一大景觀。鹽城城內(nèi)原有正學(xué)書院，于是，于萬歷十一年建西書院。萬歷八年，建潘公生祠，紀(jì)念工部尚書兼總河大臣潘季馴。萬歷九年，重修陸秀夫祠，并題寫了聲情并茂的題詞。萬歷九年，建便民倉91間，積存稻谷以備荒。同年，重修養(yǎng)擠院，使孤老無靠者有所養(yǎng)。

楊瑞云任職當(dāng)年，及設(shè)局撰修縣志，至萬歷十一年春，志成，刻印問世，這是鹽城見之于史、現(xiàn)存于世的最早的一部縣志。全志正文設(shè)地理、建置、民事、秩官、名宦、選舉、人物、綸音、藝文志一、藝文志二共10卷，全志近6萬字，體例完備，資料翔實(shí)，為后世留下了難得的史料。