胡安娜三世是納瓦拉國王恩里克二世與昂古萊姆的瑪格麗特唯一存活的孩子。

神圣羅馬帝國皇帝查理五世曾提議讓胡安娜和他的繼承人腓力（后來的腓力二世）結婚，以鞏固自己在納瓦拉的統(tǒng)治。1541年在舅舅法蘭西國王弗朗索瓦一世的政治考量下，她被安排同于利希-克里維斯-貝格公爵威廉結婚，他是亨利八世前妻克里維斯的安妮的弟弟；但是胡安娜堅持反對這場婚姻，甚至在結婚典禮時被蒙莫朗西公爵強制抬進去參加儀式。在結婚前，她指示兩位她的臣子簽署兩份文件，表明這場婚姻違背她的意愿，并且將來也不會讓步。四年后，威廉和皇帝達成和議，廢止和法蘭西的同盟并得到海爾德公國，同時以胡安娜被強迫結婚為由宣布和她的婚姻無效。

弗朗索瓦一世在1547年過世。1548年，胡安娜再嫁給旺多姆公爵安托萬·德·波旁。1555年她繼承了父親的納瓦拉王位，當1559年法國與西班牙的和平條約簽訂后，大量操法語的加爾文宗傳教士，從日內瓦來到法國傳教，迅速產生了一大批被稱為“胡格諾派”的法國新教徒。胡安娜保護她轄下的胡格諾臣民，1560年自己也皈依了新教，并感化其丈夫安托萬一同成為胡格諾。安托萬很快被視為新教徒的領導人之一（實際發(fā)揮領導功效的是安托萬之弟──剛強的孔代親王路易一世·德·波旁）。

但是，個性搖擺且愛慕虛榮的安托萬不久被王室及天主教狂熱派領袖吉斯家族收買，轉而反對自己的家庭和胡格諾派（胡安娜被迫逃離丈夫），結果在1562年的魯昂圍攻時中流彈死亡。胡安娜成為寡婦之后，立刻下令在王國內驅逐天主教神父、禁止在貝阿恩舉行天主教儀式。面對教皇的威脅，她毫不妥協(xié)，并挫敗了好幾次陰謀與叛亂，譬如教皇曾計畫將胡安娜綁架到并轉送到西班牙的宗教裁判所囚禁；之后又宣布沒收她的領地財產、主張納瓦拉王國可被任何人侵略并統(tǒng)治，以消滅“異端”的胡安娜（幸好以上宣布受到法王查理九世及王太后凱瑟琳·德·美第奇的抵制而無效）。1567年她頒布一項法令，在納瓦拉王國確立了加爾文宗信仰。

1568年，她決心聯(lián)合拉羅歇爾的新教徒并帶著家人前往拉羅歇爾避難，成功將拉羅歇爾打造為新教徒的大本營，而自己則為其中的靈魂人物。她同時將一支由加斯科涅人和貝阿恩人組成的四千軍隊派往夏朗頓，并將自己年僅14歲的兒子亨利派往前線，作為小叔孔代親王路易一世·德·波旁的助手；在部隊臨行前，她親手替兒子整理戎裝。1569年孔代戰(zhàn)死后，亨利與孔代之子被確認為新教軍的合法領袖。

1568-1572年期間，她主導拉羅歇爾，掌管了財政、軍務、情報收集與紀律維持的工作，并以外交手腕與外國新教勢力結盟，得到源源不絕的幫助。她用自己的珠寶向英國女王伊麗莎白一世貸款以支持新教事業(yè)，并收納、安置了大量逃難到拉羅歇爾的新教徒，給予他們生存的空間與自信。另外他在拉羅歇爾設立了一個新教神學院，吸引全國最有學問的胡格諾教徒來此講學并激蕩思想、啟發(fā)信徒。

1570年給予胡格諾重大優(yōu)待的圣日耳曼和約簽訂后，她應王太后凱瑟琳·德·美第奇的邀請前往宮廷談判，為的是她兒子亨利將與國王查理九世的妹妹瑪格麗特公主結婚，以此政治婚姻作為和約的條件之一。1572年2月到達巴黎之后，胡安娜病倒了，6月9日去世，享年45。

胡安娜三世和母親昂古萊姆的瑪格麗特一樣，是一位技藝高超作家，喜歡寫詩。她還在擔當胡格諾派的領袖時編寫她自己回憶錄。