他的父親紐斯特里亞國王希爾佩里克一世在公元584年死了，當時克洛泰爾二世尚在懷中未出世。他的母親攝政直到公元597年死去。當時13歲的克洛泰爾二世開始親政，身為國王，他繼續(xù)了與母親的仇人奧斯特拉女王的敵對。

在公元599年，他與他的侄子勃艮第的提奧多里克二世和奧斯特拉的提奧德貝爾特二世之間爆發(fā)了戰(zhàn)爭，他的侄子在蒙特羅附近擊敗了他。然而，兩兄弟并沒有窮追猛打，反而相互間拿起武器對抗爆發(fā)戰(zhàn)爭，給了克洛泰爾二世喘息的機會。在605年，克洛泰爾二世找到機會入侵提奧多里克二世的國度，但是并沒有完全征服它。他與提奧多里克二世的戰(zhàn)爭直到后者在613年底死于梅斯。接著當時的奧斯特拉宮相，勃艮第宮相都放棄了抵抗向克洛泰爾二世投降。唯一的抵抗者西熱貝爾二世在埃納省會見了克洛泰爾二世的軍隊，并最后和其他貴族在納沙泰爾湖向克洛泰爾二世投降訂約。在這年，克洛泰爾二世成功獲取了勃艮第，奧斯特拉的王位。這是在公元561年他的祖父克洛泰爾一世死后，整個法蘭克王國的又一次統(tǒng)一。同時，他殘忍的將他母親的仇人奧斯特拉女王吊著曝曬了三天，再用馬車活活拖死。

在614和615年，克洛泰爾二世頒布了巴黎法令，法蘭克人的新法律讓法蘭克貴族保留了許多權(quán)利，取消了所有猶太人的官方職位。法令有效地讓所有在教會置于墨洛溫王朝君主的控制下，讓貴族更加忠心。公元617年克洛泰爾二世在馬恩河畔建立宮殿，安置了大量各地貴族。這些行動使克洛泰爾二世在他統(tǒng)治時期制定的法律執(zhí)行力大大加強，王權(quán)得以鞏固。

公元623年，他封幼子達戈貝爾特一世為奧斯特拉王國國王，這一政治行動得到了奧斯特拉和梅斯的貴族.主教的支持。奧斯特拉王國也開始了半自治。公元629年克洛泰爾二世去死，他共在位45年，長于任何其他的墨洛溫王朝君主。同時因為他的死去墨洛溫王朝實力也迅速回落。