嘉靖三十五年(1556年)，任惠安縣知事。嘉靖三十七年(1558年)四月，倭寇攻破福清縣城，五千人馬，乘勢南下。時(shí)林咸因被御史彈劾，解去職務(wù)退居南關(guān)，暫署縣事的孫節(jié)事先逃避于泉州府城，致一縣無主，百姓驚恐失措。在縣紳李愷、張宇、康惟心等人請(qǐng)求下，林咸毅然出來視事。他指令四位僚屬分守縣城四個(gè)城門，又設(shè)置鄉(xiāng)長，派人日夜巡邏警備，加固城墻。是月二十六日，倭寇薄城，殺害5個(gè)被俘的老百姓，恐嚇道：“速開門款我!不然破城而食，必屠汝無噍余!”，接著，用鳥銃從西北攻城。軍民未經(jīng)戰(zhàn)陣，不知鳥銃為何物，一時(shí)傷亡10余人。倭寇進(jìn)而用軟梯掛住城垣，爬梯上墻。林咸指揮軍民用耙頭砍挫倭寇，當(dāng)場犒賞有功戰(zhàn)士。自晨至午，擊退三四次爬上城垛的倭寇。中午，倭寇開始強(qiáng)攻，雙方傷亡慘重，城中亦出現(xiàn)謠言，百姓紛紛圍在水邊，一旦城破，即投水自盡。林咸對(duì)李愷說，萬一城破，他就跳城而死。傍晚，幸而援兵至。翌日，林咸、李愷佯許給倭寇重金，拖延時(shí)間，調(diào)整防務(wù)，等待援兵。倭寇以金少為由，攻城益急。恰遇李鳳率銃兵40名來援，倭寇被打死10人而退。二十八日，倭寇用呂公車攻城，林咸制造敵棚三座抵御。三十日，倭寇遁去。斯時(shí)，林咸已六晝夜沒有合眼，眼睛又紅又腫，雙腿麻痹。三天后，倭寇由海道騷擾鴨山，林咸率軍民前往征討，迫倭寇下海逃遁。是役，林咸身受重傷，不幸殉國。事后，朝廷賜其府同知，入祀鄉(xiāng)賢祠，封賜一子為官�；莅踩嗣窳㈧粢造�。