民國26年(1937)，寶猷任廣東省財政廳參議兼秘書。次年，調任浙贛鐵路理事會主任秘書兼路局總務處長。民國30年(1941)，任國民政府交通部總務處長、工程委員會專門委員。因辦事精明干煉，為交通部負責人曾養(yǎng)甫所器重。 　民國34年(1945)9月，抗日戰(zhàn)爭結束，廣東省政府改組，寶猷任廣東省政府委員、教育廳廳長。戰(zhàn)后地方凋敝，學校遭日軍破壞尤甚。他致力于教育的恢復整頓工作，頗見成效。民國35年秋，為家鄉(xiāng)平遠梅興初級農業(yè)職業(yè)學校由縣立改為省立并撥款資助。翌年秋， 平遠中學40周年校慶，寶猷亦回鄉(xiāng)參加慶典活動，并捐款給母校及贈圖書659冊。 　民國36年(1947)9月，省長 羅卓英去職， 宋子文接任，寶猷留任教育廳廳長及任省府秘書長、學生運動小組長。當年全省各大專學校掀起“反饑餓，反內戰(zhàn)”的學生運動，寶猷站在學生運動的對立面，宣傳反共主張。民國38年(1949)1月，省長 宋子文下野，寶猷回中山大學任教。當年，國民黨大勢已去，寶猷于9月走避香港。10月廣州解放。12月寶猷從香港返穗，表示向人民政府輸誠。1950年入南方大學學習。1951年在鎮(zhèn)壓反革命運動中，根據廣州市民的檢舉材料，將寶猷定為有反革命破壞活動的文化特務分子，依據《中華人民共和國鎮(zhèn)壓反革命分子條例》判處死刑。中共十一屆三中全會以后，對歷史案件進行甄別復查，查明寶猷與臺灣當局的特務機關確無聯(lián)系，廣州解放初幾宗反革命案件均與寶猷無直接關系。據此，1982年 廣東省高級人民法院撤銷1951年對姚寶猷的判決，給予平反昭雪。原被沒收的廣州市東山區(qū)住宅1座、原籍平遠大柘故居1座，平反后或予歸還，或予賠款，均作了處理。 　寶猷一生著作計有《日本神國思想的形成及影響》、《中國絲綢西傳史》、《日本史研究法》、《日本近百年史》、《中國基督教史》、《中國歷史上氣候變遷之一另一研究》、《西漢貨幣之研究》等。