1906年(清光緒三十二年)，江蘇省商辦鐵路公司成立，籌建滬杭甬鐵路，王應聘任總理。經兩年多實地勘測，王擬定長江南北兩線并進的計劃，南線為上�！�嘉興的滬嘉線；北線為開封—南通的開通線。1907年(清光緒三十三年)，在本縣創(chuàng)建第一個輪船公司——崇明輪船公司，購置朝陽輪，行駛于崇滬之間。

1909年(清宣統(tǒng)元年)王重返仕途，監(jiān)理浙江財政。1915年，王回鄉(xiāng)安葬父母并在墓旁筑農隱廬居住，自號農隱老人。1919年蘇浙士紳為辦理太湖水利，請王出任太湖水利局督辦。他赴金壇、溧陽、宜興、常州、鎮(zhèn)江等重災區(qū)詳細考察，潛心研究，先后寫成《太湖流域治水防災策》、《視察瀏河、七浦、白茆水利說略》等文，提出疏浚、筑堤、置閘三管齊下的防治方針。后因軍閥混戰(zhàn)，經費無著，未能付諸實施。王遂于1926年憤而離職，退隱還鄉(xiāng)。

王清穆對發(fā)展本縣經濟、文化、慈善等事業(yè)頗多建樹。1898年(清光緒二十四年)，他倡導本縣塘工開掘青龍港，將其延至壽安寺。后又呈準省府年撥一萬元歲修青龍港壩。1919年，他積極支持杜少如興辦大通紗廠。同年與朱貫薇等在廟鎮(zhèn)創(chuàng)辦自新染織公司，于堡西宅旁創(chuàng)辦求已小學，設農業(yè)試驗場。1921年，王將百余種農作物制成標本，繪成掛圖，在堡西宅上舉行美棉展覽及農產品品評會，推動美棉普及。1922年至1927年，王先后與人合資創(chuàng)建堡市保坍會、大同商業(yè)銀行和富安紗廠。1933年，本縣東北部堤岸毀于風潮，王經實地調查，提出修固老岸，堤外取土的兩全方案，取得良好效果�！鞍恕ひ蝗�”后，江浙兩省難民大批來崇，王墊資于城橋和向化等地籌辦難民收容所。

王清穆為官廉潔，慈禧曾派他查辦輪船招商局會辦盛宣懷，盛賄以30萬銀元，王不為所動。盛復許以蘇州留園，王嚴詞拒絕。在巡視東南七省時，各地官員殷勤獻禮，他一概婉言謝絕。

本縣淪陷后，王清穆拒絕與日本侵略者合作，避居上海法租界。1941年農歷5月因病去世，卒年81歲。