南明隆武年間（1645一1646)，以選貢中書上書。被桂王召見后，授任監(jiān)察御史。接著，升任四川巡按兼提學(xué)使。剛動身，福建為清兵占領(lǐng)，明永歷帝立于廣東肇慶，后退入貴州安龍。邦芑入川后，聯(lián)絡(luò)川中將領(lǐng)，戰(zhàn)守有功，升右僉都御史。此時，清兵人川，農(nóng)民起義軍領(lǐng)袖張獻(xiàn)忠戰(zhàn)死川北，部將孫可望、李定國退入貴州，攻取遵義，又長驅(qū)人滇。邦芑收復(fù)遵義，永歷帝命邦芑兼貴州總兵。永歷五年（1651)，孫可望自稱秦王，復(fù)人貴州，驕橫強(qiáng)暴，強(qiáng)迫授邦芑官，邦藝不受，退隱貴州余慶縣蒲村開柳湖于他山下，結(jié)屋居住。經(jīng)過兩年多的時間，可望派人持刀逼召13次，邦芑堅(jiān)拒不為動，恐以后難免受逼，毅然削發(fā)為僧，并書一詩（見詩一），改所居處為“小年庵”，同時部下隨邦芑為僧的有11人，又改柳湖故居為“大錯庵”，與諸弟子居住，共同參禪焚修。孫可望聽見邦芑為僧，怒罵不止，內(nèi)心也覺慚憤，命人寫信勸告，邦芑又以詩回答（見詩二）。孫可望見詩甚怒，命人押解邦芑至貴州，將殺之，恰遇安龍十八忠臣之變，群情激憤，可望怕引起民憤，又把他釋放。

邦芑在順治十一年甲午（1654）削發(fā)后，即慕雞足名勝，常常想登山一游，叩迦葉入定之處。直到順治十六年己亥（1659)冬，才得實(shí)現(xiàn)多年的夙愿。登山后，攀懸崖，探幽壑，搜奇吊古，縱情游覽，數(shù)十日毫不疲倦。

庚子（1660）春，瀾滄兵備道四川人曹延生以巡查之便，來游雞山，向寺僧索閱志書，僧人張目直視回答：沒有。曹以雞山是迦葉尊者道場，與五臺、峨眉、普陀、九華并稱。缺少志書，使游覽人士，無從問津。于次日率領(lǐng)僧眾向邦芑拜請撰述山志，以光名山。邦藝再三辭謝，均未獲同意。于是與無盡、眼藏、子眉等，聚居文筆山西北片云居，每日攀危崖，登險峰，伐山窺穴，所到之處，無不盡力探索。搜集軼聞，討論精選，經(jīng)過140天的辛勞，完成志稿十卷。邦芑離開雞足山后，曾住湖南衡山，康熙十二年（1673）修寶慶志未成，卒于邵陽旅次，其侄子錢點(diǎn)辦理了喪事，葬于南岳山下。

《雞足山志》開始于徐霞客，至邦芑重修，內(nèi)容更為完整充實(shí)。

邦芑每為人題詩文，都署“大錯和尚”，著作有：

《大錯和尚遺集》四卷

《梅柳詩合刻》一卷

《雞足山志》十卷

詩一：

一杖橫擔(dān)日月行，山崩海立問前程。

任他霹靂眉邊過，談笑依然不轉(zhuǎn)睛。

詩二：

破衲蒲團(tuán)伴此身，相逢誰不訊孤臣。

也知官爵多榮顯，只恐田橫笑殺人。