王遇20歲為太學(xué)上舍生，南宋哲學(xué)家、文學(xué)家呂祖謙很器重他，任以學(xué)職。乾道八年(1172年)，王遇登進(jìn)士甲科，調(diào)任臨江教授。遭父喪守制，服除，改任處州教授。又遭母喪守制，服除，調(diào)任蘄州教授。

王遇先后受業(yè)于朱熹(號(hào)晦庵)、張栻(號(hào)南軒)和呂祖謙。他治學(xué)注重精思力行，不喜口耳浮泛無根之談。在蘄州任教授時(shí)，常與諸生宣講《論語》、《孟子》及經(jīng)史，直至深夜，蘄州士民深受教化。權(quán)臣韓侂胄想升他為掌故，叫他登門請(qǐng)見。王遇認(rèn)為若登門求見是“自取其辱”，不往。立即徑往吏部依法詮選，調(diào)任懷安縣丞。帥司詹體仁、鄭僑延聘他在幕府贊理政事。丞相趙汝愚擬予升任，但因韓侂胄當(dāng)權(quán)，將道學(xué)定為“偽學(xué)”，嚴(yán)加取締，此事只得作罷。后經(jīng)給事尤袤、祭酒李祥薦用為長(zhǎng)樂縣知縣。任期內(nèi)，撙節(jié)浮費(fèi)，積錢數(shù)千緡(每緡1000文)，用以興修大塘水利，灌田千余畝。其時(shí)韓侂胄黨人陳自強(qiáng)、林采權(quán)勢(shì)極大，凡任職官員都要對(duì)他賄賂，王遇卻不為權(quán)勢(shì)所屈。隨后，升任贛州通判。

嘉定初年，王遇調(diào)任太學(xué)博士；未幾，改任諸王宮教授。后再升任毗陵(今江蘇常州)知州。時(shí)值毗陵大旱，王遇盡開倉儲(chǔ)賑濟(jì)饑民，并停止一切公款饋送、宴飲及犒賞，積錢數(shù)萬緡用以糴米賑饑，自己還捐俸助賑。此外，鼓勵(lì)民眾各盡其職，便利貿(mào)易往來；自己并親臨鄉(xiāng)村視察災(zāi)情，將被官宦侵占、填塞成田的太湖垸地重新開浚通流，以利防治水旱災(zāi)害。適逢浙東患水災(zāi)、鬧饑荒，朝命提舉浙東常平。王遇赴任后，關(guān)心救災(zāi)賑濟(jì)，如在毗陵所為。

當(dāng)時(shí)，朝廷正在議行“計(jì)灶買鹽”政策，王遇認(rèn)為不可實(shí)行，竭力反對(duì)。他說：前人建立鹽場(chǎng)，訂定稅額，并非不知鹽灶可以計(jì)算，而是考慮亭民(即鹽灶戶)有時(shí)認(rèn)為鹽價(jià)太低，不肯盡力生產(chǎn)罷了。如今若實(shí)行計(jì)灶買鹽，鹽戶若有虧鹽，必受官方處罰，將影響鹽民的生產(chǎn)和生活。這樣，今日計(jì)灶買鹽，將來就會(huì)變成計(jì)口買鹽，不但浮鹽難買，連份額鹽都會(huì)沒有，定會(huì)生事。結(jié)果，朝廷沒有實(shí)行這一政策。王遇后被提為宗正寺丞，再遷右曹郎中。

嘉定四年(1211年)王遇逝世。朱熹稱其純篤；呂祖謙譽(yù)其篤實(shí)；黃塝謂其學(xué)識(shí)精、義利明，超然于俗流之中，沒有一毫私心。所著《論孟講義》、《兩漢博義》、《文集》等藏于家，盡都失傳。