2008年10月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁代表馬來西亞參加印度浦那舉辦的世界青年羽毛球錦標賽，助馬來西亞隊贏得混團季軍。

2009年10月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁代表馬來西亞參加本國舉辦的世界青年羽毛球錦標賽，在率先進行的團體賽，助馬來西亞隊贏得混團亞軍；此外，還贏得男子單打亞軍。

2013年4月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁出戰(zhàn)馬來西亞羽毛球黃金大獎賽，在男單準決賽以1比2（18-21、21-18、16-21）不敵隊友的吳順發(fā)。同年7月，他代表馬來西亞參加俄羅斯喀山舉辦的世界大學生運動會羽毛球比賽，贏得男子單打銅牌。

2014年9月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁代表馬來西亞參加韓國仁川舉行的亞運會羽毛球比賽[4]，與隊友合作贏得男子團體賽銅牌。

2015年2月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁出戰(zhàn)奧地利羽毛球公開賽，在男單決賽以1比2（21-14、18-21、19-21）不敵賽會頭號種子、中國香港名將的伍家朗，贏得亞軍。同年6月，他代表馬來西亞參加新加坡舉辦的東南亞運動會羽毛球比賽，助 馬來西亞男隊贏得銅牌。同年8月，他出戰(zhàn)新加坡羽毛球國際系列賽，在男單決賽以2比0（21-11、21-15）擊敗了賽會3號種子、隊友的蘇德智，這也是他首個國際系列賽男單冠軍。同年9月，他出戰(zhàn)波蘭羽毛球國際賽，在男單決賽以2比0（21-12、21-18）擊敗了資格賽選手、丹麥名將的安德斯·安東森，贏得第二個國際系列賽男單冠軍。同年10月，他出戰(zhàn)瑞士羽毛球國際賽，在男單決賽以2比1（21-19、16-21、21-11）擊敗了賽會3號種子、芬蘭名將的維萊·朗，首次贏得國際挑戰(zhàn)賽男單冠軍。同年11月，他出戰(zhàn)馬來西亞羽毛球國際挑戰(zhàn)賽，在男單準決賽以0比2（13-21、19-21）不敵賽會9號種子、隊友的宋俊洋。

2016年1月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁出戰(zhàn)馬來西亞羽毛球大師賽，在男單決賽以0比2（18-21、11-21）不敵賽會頭號種子、前輩的李宗偉，贏得亞軍。同年5月，他入選湯姆斯杯的男單大名單，助馬來西亞隊贏得男團季軍。同年6月，他出戰(zhàn)中華臺北羽毛球公開賽，在男單準決賽以0比2（16-21、10-21）不敵賽會5號種子、東道主名將的周天成。同年11月，他出戰(zhàn)中國羽毛球首要超級賽，在男單準決賽以1比2（20-22、22-20、7-21）不敵賽會4號種子、丹麥名將的簡·奧·約根森。

2017年8月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁代表馬來西亞參加本國舉辦的東南亞運動會羽毛球比賽，助馬來西亞隊贏得男子團體銀牌。同年9月，他出戰(zhàn)比利時羽毛球國際賽，在男單準決賽以0比2（22-24、16-21）不敵日本名將的桃田賢斗。同年11月，他出戰(zhàn)馬來西亞羽毛球國際挑戰(zhàn)賽，在男單決賽以2比0（21-11、21-13）輕取晚輩的梁峻豪，贏得國際賽男單冠軍。

2018年1月，伊斯干達·祖卡奈因·扎因丁出戰(zhàn)印度羽毛球公開賽，在男單準決賽以1比2（21-18、10-21、19-21）不敵賽會4號種子、中國的石宇奇。同年2月，他代表馬來西亞參加本國舉辦的亞洲羽毛球團體錦標賽，助球隊贏得男子團體季軍。