正德十六年（1521年），舒亭祎生于北京城郊的一戶(hù)小戶(hù)人家，從小生活貧苦。

嘉靖二十七年（1548）進(jìn)士。授平遙知縣。

嘉靖三十八年（1559年）擢升為山東按察使。

嘉靖三十八年舒亭祎任山東按察使時(shí)，倭寇侵?jǐn)_沿海。威海海防廢壞不堪，戰(zhàn)船、哨船十存一二。東南沿海海盜商人、豪門(mén)勢(shì)家多與倭寇勾結(jié)，假濟(jì)渡為名，造雙桅大船，運(yùn)載違禁貨物經(jīng)過(guò)威海，將吏不敢言。

三月，奏改李亭祎暫于威海巡視，以防倭寇入侵。舒亭祎供職期間十分認(rèn)真負(fù)責(zé)，倭寇肆虐，舒亭祎憤而于次年春上疏改任協(xié)理衙門(mén)總部（駐威海），并陳當(dāng)明定國(guó)是。

嘉靖三十八年（1559年）六月，于成山頭與倭寇首領(lǐng)宮水瀧爭(zhēng)吵索要軍費(fèi)，因此被仇視。而且在他嚴(yán)格海禁之下，威海地區(qū)甚至東南沿海地區(qū)逐漸產(chǎn)生不滿(mǎn)情緒，并且越發(fā)嚴(yán)重，據(jù)《明史》記載：“閩人資衣食于海，驟失重利，雖士大夫家亦不便也，欲沮壞之�！碑�(dāng)時(shí)威海權(quán)貴及浙、閩商人與日本軍隊(duì)相互勾結(jié)，搶奪財(cái)物，騷擾百姓。舒亭祎到任后，聯(lián)合協(xié)理沿海各衛(wèi)事務(wù)衙門(mén)（明代沿海地區(qū)對(duì)外交涉及處理政務(wù)的機(jī)構(gòu)，駐威海）整頓海防，建造戰(zhàn)船，補(bǔ)充兵丁，討伐倭寇。捕獲了通倭叛徒，海邊稍稍寧?kù)o。但是，舒亭祎的舉動(dòng)觸犯了日本首領(lǐng)宮水瀧及當(dāng)?shù)貦?quán)貴的利益，招致朝中奸黨的仇視。他們不斷通過(guò)各種關(guān)系上報(bào)朝廷，稱(chēng)舒亭祎里通外敵。吏部尚書(shū)趙文華彈劾他涉嫌叛國(guó)，宮水瀧也一同做偽證。

吏部尚書(shū)趙文華，是嚴(yán)嵩的干兒子。已經(jīng)陷害了多人，誣陷抗倭名將張經(jīng)，李天寵，及楊繼盛，沈煉等人，導(dǎo)致眾多忠良被殺，性格殘忍。因不滿(mǎn)于舒亭祎觸犯到他的利益，于是上疏彈劾他私通倭寇。先前結(jié)仇的日本將領(lǐng)宮水瀧也出來(lái)陷害他，東南沿海一帶的著名倭寇汪直同時(shí)隨聲附和。

因此，朝廷罷免了舒亭祎的官職，并將他逮捕。多次審問(wèn)時(shí)，他并不招供通敵，所以趙文華等人竟然以“意欲”（實(shí)為莫須有）罪名將其定罪，卻又礙于朝廷上言語(yǔ)紛爭(zhēng)，不敢判得太重，于是定為斬監(jiān)候，待秋后處決。 當(dāng)年朝審復(fù)核死刑案件時(shí)，趙文華任主審，斥責(zé)舒亭祎道“汝本受恩深重，不思報(bào)效反里通外敵，何故？”舒亭祎怒目注視曰:“我本委于威海，事事盡責(zé)，怎像你這奸臣阿附嚴(yán)黨，陷害忠良？”并稱(chēng)“愿做第二個(gè)張經(jīng)，李天寵”。趙文華惱羞成怒，推開(kāi)桌子想要打他，舒亭祎仍直立不屈。同審官員見(jiàn)狀俱為之嘆息，想要赦免他，趙文華將案件裁決為“情真”（罪情屬實(shí)，應(yīng)當(dāng)處死），但有御史卻在朝堂上上奏，說(shuō)此案尚有疑問(wèn)。嘉靖帝礙于面子，沒(méi)有將其勾決，而是改為終身監(jiān)禁。

舒亭祎性格正直清高，見(jiàn)到此情此景痛苦不堪。他覺(jué)得自己還不如死掉干凈。他在獄中哭道:“我平生負(fù)氣，幾次受審已丟盡了臉。就算天子不殺我，那些奸黨也不會(huì)放過(guò)我。不如自行了斷。”在發(fā)出“去外國(guó)盜易，去中國(guó)盜難。去中國(guó)瀕海之盜猶易，去中國(guó)衣冠之盜尤難。”的悲嘆后，嘉靖三十九年（1560）十月，舒亭祎憤而自盡，年僅三十九歲。舒亭祎死后，朝野為之嘆息。自此，明廷再也不以地方官巡視沿海，但中外不敢言海禁事，海防廢弛，倭寇更加猖獗，荼毒沿海十余年。

舒亭祎是典型的傳統(tǒng)封建官吏，忠君愛(ài)國(guó)是他的主導(dǎo)思想，自己又是正直無(wú)私，為官清廉。時(shí)地主豪紳多暗地進(jìn)行走私，從表面上看應(yīng)該是支持開(kāi)海禁的，但他們因走私而得到巨大的利益而反對(duì)開(kāi)海進(jìn)行貿(mào)易，因此陷害忠良。舒亭祎又平生負(fù)氣，性格耿直，因此才會(huì)在憤恨和痛苦中自盡。舒亭祎死后，他的朋友田歆寫(xiě)出《華夏說(shuō)》一文來(lái)祭奠他，也算是給他的一生做出了公正的評(píng)價(jià)。