1908年授云南布政使。并護(hù)理云貴總督，1910年(宣統(tǒng)二年)10月擢廣西巡撫。1911年武昌起義后，在廣西革命勢力的推動下，宣布獨(dú)立，被推為廣西都督，旋因受副都督陸榮廷的排擠，轉(zhuǎn)任湘桂聯(lián)軍總司令，遂以帶兵援鄂為名離開桂林，到南京謁見黃興，被任命為南京留守府高等顧問和國民捐督辦。

1912年8月25日，同盟會等5團(tuán)體正式改組為國民黨，在北京召開成立大會，沈秉堃出席并 與閻錫山、張繼、李烈鈞、胡瑛、王傳炯、溫宗堯、陳錦濤、陳陶遺、莫永貞、褚輔成、松毓、楊增新、于右任、馬君武、田桐、譚延闿、張培爵、徐謙、王善荃、姚錫光、趙炳麟、柏文蔚、孫毓筠、景耀月、虞汝鈞、張琴、曾昭文、蔣翊武、陳明遠(yuǎn)一起被推舉為參議。

孫黃入京時期，是袁世凱與國民黨唯一的交好期，此時袁世凱因?yàn)椴幌胱屗谓倘食雒娼M閣，便數(shù)次提議由與黃興私交甚好的沈組閣，被黃興婉拒，袁只得任命沈?yàn)槠挚谏虉龆睫k。后死于北京。

沈與黃興私交極其歡洽，他經(jīng)常稱年僅38歲的黃興為“克老”。

清廷宣統(tǒng)三年的農(nóng)歷八月十九（1911年10月10日），革命黨人在武昌起義。這一年農(nóng)歷屬辛亥年，故稱為辛亥革命。 　農(nóng)歷九月十七（1911年11月7日），是個值得廣西人紀(jì)念的日子：省會桂林和平易旗，宣布廣西獨(dú)立。

桂林易旗，相對來說沒有太多的槍聲和流血，但細(xì)說起來也是來之不易，時任廣西巡撫的沈秉堃起了重要作用。

當(dāng)時清廷正大辦新軍，裁減舊軍。武昌起義那一聲槍響，猶如石破天驚，清王朝各省均感緊張。廣西巡撫沈秉堃對廣西新軍不信任，以廣西防務(wù)緊要，必須依靠舊軍為由，奏請朝廷不要裁減防營經(jīng)費(fèi)。沒想到武昌起義不久，隔壁省傳來一聲炮響——長沙新軍起義，湖南獨(dú)立。清廷自然如坐火山，批準(zhǔn)沈秉堃“援湘保桂”，令度支部（相當(dāng)于中央財(cái)政部）追加其所需經(jīng)費(fèi)五萬兩。沈秉堃又以餉械缺乏，請令度支部撥款五十萬兩。此時清王朝國庫空空，沒有辦法，只好令廣東就近撥給。

且不說廣東是否能撥給經(jīng)費(fèi)，廣西懷遠(yuǎn)縣(今三江侗族自治縣)會黨的槍聲又響起來了。沈秉堃上奏朝廷請求派兵。當(dāng)天，清廷命廣東、貴州速派兵至該地合力鎮(zhèn)壓。

懷遠(yuǎn)槍聲未停，廣西省會桂林似有“地震”的前兆：一幫同盟會會員開會，決定聯(lián)絡(luò)柳州、梧州、恭城、潯州（治所在今桂平縣）一帶的會黨、民軍，在桂林伺機(jī)起事，時間定在農(nóng)歷九月初八（10月29日）�？墒�，天公不作美，當(dāng)天桂林突降大雨，河水陡漲。新軍駐在南門之外的李家村，而南門的將軍橋被淹，參與起義的人馬不能過橋入城，起義只好臨時中止。

但梧州卻傳來獨(dú)立的消息。原來，農(nóng)歷九月初九（10月30日），梧州同盟會人主辦的《梧江日報(bào)》、《廣西日報(bào)》，同時發(fā)出一則號外，說是：“京陷帝崩”。這個天大的“忽悠”，令梧州人心大為震動：皇帝死了，京城也被攻下，我們不起來革命，還等什么？

梧州獨(dú)立之后，柳州、桂林、潯州也暗地紛紛響應(yīng)，大有山雨欲來之勢，各種信息如雪花似的傳到省府，沈秉堃以廣西危急，奏請朝廷命廣東撥出大宗餉械和軍隊(duì)，星夜增援廣西；又請海軍部派軍艦到梧州堵塞江路。

沒想到第二天，廣東來電讓朝廷大跌眼鏡，一年前自廣西巡撫升任兩廣總督的張鳴岐，一紙回復(fù)朝廷說：“粵防亦緊，難于兼顧。”這無疑是給清廷當(dāng)頭潑一瓢冷水。好在張鳴岐還附了一句話，說在他調(diào)離廣西之前，曾于捐輸超收款中，撥有不準(zhǔn)挪用之各種專款，共計(jì)白銀三百余萬兩，均未動用，可從中暫行挪借�；馃�眉毛之際，自當(dāng)救命要緊，清廷當(dāng)即命令沈秉堃于軍需緊急時可以動用。

廣西獨(dú)立緊鑼密鼓，雖然還沒有開花結(jié)果，但其他省份卻紛紛樹起獨(dú)立大旗：湖南、陜西、江西、山西、云南、貴州、江蘇、浙江等地獨(dú)立。這就使廣西陷入絕路：因?yàn)閺V西是個窮省，軍費(fèi)入不敷出，每年需要由四川協(xié)餉二十萬，廣東協(xié)餉五十萬，湖南協(xié)餉二十萬，湖北協(xié)餉十萬。

現(xiàn)在，湖北、湖南、云南、貴州已經(jīng)獨(dú)立；廣東則是革命黨的根據(jù)地，雖然幾個月前有廣州“三二九”起義的失敗，但獨(dú)立的傳言不斷（廣東在桂林獨(dú)立兩天后宣布獨(dú)立）。廣西如果不獨(dú)立，財(cái)政又不能自立，靠誰撥錢？更重要的是一旦與革命軍開戰(zhàn)，朝廷軍隊(duì)要援救廣西，非經(jīng)湖南、廣東入境不可。這兩條路一斷，廣西便是孤立無援。

這是關(guān)鍵時刻廣西進(jìn)退之大勢。當(dāng)時省城的形勢也不容樂觀。

農(nóng)歷九月十六（11月6日），同盟會占優(yōu)勢的廣西省諮議局，集合一百余人，由議長甘德蕃謁見沈秉堃，和平請?jiān)福�以“�?zhàn)火一起，糜爛地方”為由，請宣布廣西獨(dú)立。這個理由當(dāng)然成立。但老于世故的沈秉堃，對局勢還在作壁上觀，勉以“勿負(fù)清廷”，只打官腔，并沒有應(yīng)允。

是時，廣西的二把手、布政使王芝祥掌握桂林巡防隊(duì)兵權(quán)，實(shí)權(quán)在握，但他的成長，全靠姐夫劉人熙的提攜。于是，革命黨人便動員劉人熙去說服王芝祥。廣西諮議局副議長、同盟會會員黃宏憲等，也會見王芝祥，進(jìn)行勸說。

更有那廣西同盟會支部長耿毅，身攜炸彈，手持短槍，來見王芝祥，提出“廣西獨(dú)立，新軍北伐”的主張。王芝祥一見耿毅一身架式，當(dāng)然怕他手中的黑家伙走火——其實(shí)耿毅也怕王暗算。這時，王芝祥已知梧州獨(dú)立，感到大勢所趨，心有所動，但說還要商之沈秉堃。

省諮議局同王芝祥去說服了沈秉堃后，擬定以沈秉堃為都督，王芝祥、陸榮廷為副都督。農(nóng)歷九月十七（11月7日），桂林召開軍政商學(xué)各界萬人大會，沈發(fā)表獨(dú)立演說，提出目前八項(xiàng)辦法，群眾高呼萬歲，掌聲不絕——廣西算是完成了一件改朝換代的大事！

省會獨(dú)立，等于全廣西獨(dú)立一事已定，至此未費(fèi)一槍一彈，算是和平易旗，也是地方老百姓之大幸。兩天后，柳州獨(dú)立；過了幾天，慶遠(yuǎn)（今河池）、南寧也相繼宣布獨(dú)立。

廣西獨(dú)立后，沈秉堃雖被舉為都督，但他以自己不是廣西人，與民黨沒有什么聯(lián)系，便借口領(lǐng)軍援鄂，心下已有去桂之意。這時正值漢陽失守，他率兵離開廣西馳回湖南原籍。王芝祥代沈?yàn)槎级健?/p>