余懋孳生于嘉靖四十四年，自幼受到嚴格的家教，然大器晚成，三十八歲才中萬歷三十一年（1603年）應天鄉(xiāng)試癸卯科舉人。后萬歷三十二年中進士。歷任觀政都察院、浙江山陰知縣、浙江鄉(xiāng)試同考官、北京禮科給事中、會試同考官等。萬歷四十五年奉使冊封德藩寧陽郡王，便道假歸，卒浙江秀水舟次。

萬歷四十四年（1616年），徐如珂與侍郎沈潅、給事中晏文輝等合疏指斥耶穌會士邪說惑眾，并且懷疑其為佛郎機假托，要求馬上驅(qū)逐。禮科給事中余懋孳更將之比為白蓮教、無為教。

曾祖：余 罃；

父親：余世儒；

兄弟：余懋學、余懋衡等。

著有《荑言》六卷（《四庫全書總目》卷一百七十九·集部三十二·別集類存目六，兩江總督采進本）。此集乃懋孳所自編，凡文五卷，詩一卷。其曰“荑言”者，蓋取荑稗之意，自謂學而無當於道者稗學也，言而無當於道者荑言也。又謂“命題屬草”，聊供酬應。