1520年大友義鑒為了到肥後擴(kuò)大勢(shì)力，作為義鑒的弟弟的大友重治改名菊池義武，繼承了菊池家。不知是因?yàn)榕c哥哥不和睦的原因，還是為了自己的野心，與大內(nèi)義隆和相良氏聯(lián)合，同時(shí)排斥城、赤星、隈部氏等親大友的有力家臣，試圖將權(quán)力牢牢掌握在自己手中。同時(shí)，義武也不喜歡義鑒的嫡子大友義鎮(zhèn)，反對(duì)兄長(zhǎng)將來(lái)傳給其家督之位，而這個(gè)義鎮(zhèn)就是后來(lái)的大友宗麟。年輕時(shí)的他就為人狡詐，為了能繼承家業(yè)，義鎮(zhèn)以菊池與大內(nèi)聯(lián)合為由從中挑撥，最終令父親義鑒與菊池義武兄弟反目。由于沒(méi)有家臣的支持，菊池義武自知無(wú)力與其兄對(duì)抗，只好逃到有馬氏處避難，與相良氏和島津氏謀劃如何能返回隈府城。但是，其后與大友義鑒相爭(zhēng)失敗，結(jié)果依靠相良氏之力逃到遠(yuǎn)方。其間，菊池義武在肥后奪取了守護(hù)一職。

天文19年（1550年）菊池義武和師傅入田親誠(chéng)起兵反叛，大友義鑒一家皆被慘殺，史稱“二階崩之變”。入田親誠(chéng)在兵逃往阿蘇家中被迫自殺。菊池義武在鹿子木氏、田島氏的支持下回到了隈府城。

但大友義鎮(zhèn)并沒(méi)忘記當(dāng)年的仇恨，翌年，在平息了家族內(nèi)亂之后，他聯(lián)合城氏、小代氏攻進(jìn)肥后，義武只好跑到八代投靠相良晴廣 。天文二十三年（1554），大友義鎮(zhèn)以要與義武和談為名將其誘出八代，在前往豐后的途中，義武被義鎮(zhèn)的伏兵包圍，最終被迫切腹自殺。肥后的名門菊池氏，在歷經(jīng)二十六代后終于沒(méi)有避免家名斷絕的厄運(yùn)。使得肥後的名門菊池氏滅亡的。