1931年，周祥初就在屬陳誠系統(tǒng)的四十三師擔(dān)任了旅長

1936年，升為四十三師師長。

1938年，長沙會戰(zhàn)中，周祥初指揮部隊英勇抗擊日軍，受到嘉獎，并晉升為87軍中將軍長。

1942年，在湖南與日軍作戰(zhàn)的過程中，周祥初因與上司發(fā)生爭執(zhí)，被調(diào)任第6戰(zhàn)區(qū)教導(dǎo)團(tuán)副教育長閑職，后又調(diào)為有名無實的察哈爾省民政廳長。長期的排擠和壓制，使周祥初逐漸產(chǎn)生了反蔣傾向。

1946年5月，周經(jīng)章伯釗、楊渠統(tǒng)介紹，在重慶參加了中國民主同盟。同年，周祥初回到甘肅老家。

1947年，通過與甘肅省主席郭寄嶠的保定軍校同學(xué)關(guān)系，被委到平?jīng)鋈胃拭C省第二行政督察區(qū)專員兼保安司令。當(dāng)時任二督察區(qū)保安副司令的任謙，與周祥初是甥舅至親，早年在西北軍任職，中原大戰(zhàn)后在鄧寶珊的新編第一軍任團(tuán)長、副旅長。

1949年4月，原甘肅師管區(qū)司令蔣云臺調(diào)任119軍副軍長兼244師師長，周祥初又得以接任甘肅省師管區(qū)司令，掌握甘肅師管區(qū)下屬兩個團(tuán)和武威、天水、平?jīng)鰣F(tuán)管區(qū)的一部分實力。

1949年7月，解放軍西北野戰(zhàn)軍逼進(jìn)蘭州，寧夏馬鴻逵退守銀川老巢，胡宗南殘部龜縮在陜南，只有馬步芳之子馬繼援狂妄地準(zhǔn)備在蘭州與解放軍決戰(zhàn)。周祥初明白，青馬孤軍困守蘭州，敗局已定，留在蘭州是不會有出路的。于是，他趁局勢混亂之機(jī)，找到省主席郭寄嶠和西北軍政副長官劉任，以統(tǒng)率地方部隊與共產(chǎn)儻周旋為名，要了一個南路督導(dǎo)專員的名義，前往隴南岷縣，收集力量，相機(jī)起義。

1949年8月12曰，在天水地區(qū)做地下工作的中供黨員康君實、李般木到達(dá)岷縣，以王震司令員代表的身份督促周祥初盡快起義。不久，周祥初得知解放軍第1兵團(tuán)已經(jīng)從隴西出發(fā)，向西挺進(jìn)。他經(jīng)過深思熟慮之后，認(rèn)為除率部起義，別無出路。于是，他讓康君實乘車出發(fā)，以期迅速與第1兵團(tuán)取得聯(lián)系，并派人聯(lián)系臨潭縣的洮岷路保安司令部參謀長楊生華、卓尼大土司暨洮岷路保安司令楊復(fù)興共同起義。

1949年9月5日，蘭州解放后，西野彭德懷司令員親自派已任蘭州軍管會副主的任謙前往岷縣，協(xié)助周祥初領(lǐng)導(dǎo)起義。任謙到岷縣后，與周祥初一起在天主堂召集連以上軍官會議，講明了當(dāng)前形勢，宣布了起義決定。會后，又對部分對起義有顧慮的軍官，做了耐心細(xì)致的工作，使部隊的堅定了起義的決心。就在這時，國民儻隴南行署主任、軍統(tǒng)特務(wù)趙文龍得知周部準(zhǔn)備起義的消息，派特務(wù)潛入陳叔缽師部，企圖策反陳叔缽，狙擊周祥初和任謙，破壞起義。陳當(dāng)即將這一情況向周、任匯報，在周、任的部署下，陳假意答應(yīng)趙文龍狙擊周、任，并把隊伍拉出來投靠胡宗南，趙文龍當(dāng)即派特務(wù)帶1萬塊銀元到陳處作為獎賞，結(jié)果陳拿到錢后，當(dāng)即將特務(wù)扣留。

1949年9月7日，陸聚賢帶著王震的指示到卓尼與楊復(fù)興就起義時間等作了具體商議，商定洮岷路保安司令部于9月11曰同岷縣一起通電起義。

1949年9月11日，周祥初、孫伯泉、陳叔缽、楊復(fù)興等聯(lián)名發(fā)出了《接受毛主席八項和平條件，待命接受改編》通電，正式宣布起義。

1949年9月14日，彭德懷等電賀周祥初、孫伯泉、楊復(fù)興說：“你等率部起義，加入人民行列，前途光明，殊堪慶賀�！苯又�，駐岷縣的起義部隊改編為人民解放軍西北獨立第1軍，由周祥初任軍長，孫伯泉任參謀長，陳叔缽任第1師師長，雍國棟任第2師師長。

1949年11月，西北獨立第1軍番號撤消，所部改編為西北獨立第1師，歸屬62軍指揮，參加進(jìn)軍大西南戰(zhàn)斗。

1974年8月，周祥初去世。

周祥初起義以后歷任西北獨立第一軍軍長、甘肅省軍區(qū)副司令員、政協(xié)甘肅省委員會副主席、民盟甘肅省支部委員會委員兼財經(jīng)委員會主任委員、民盟甘肅省委員會常委、省人大代表、全國政協(xié)第二、三屆委員等職務(wù)。