嘉靖十二年秋，天落隕石如雨，滿朝文武無一敢言者，唯有郭宗皋以監(jiān)察御史身份直諫認為：這是上天之警示。并上書長達千余言的《星變疏》，奉勸皇帝要“惇崇寬厚，察納忠言，勿專以嚴明為治�！币蜓哉Z鋒芒畢露，觸犯帝忌，嘉靖皇帝大怒，當朝對他廷杖四十，打得皮開肉綻，但他仍不認錯，嘉靖帝只好作罷。

嘉靖十四年，朝廷委派他巡視蘇州、常州等地，他不論盛夏或嚴冬，皆騎馬不坐轎，所到之處，親自處理裁決大小案件，并執(zhí)法如山，清正廉明，深受百姓愛戴。嘉靖十六年，朝中有人討好權臣，推薦曾諂媚于當朝皇帝之輔臣行宰相之職李時的保定巡撫提升，群臣大多隨聲附和，唯郭宗皋上疏力排眾議，列舉保定巡撫諂媚權勢劣跡，并明言不可提升。他不畏權勢的行為，在朝野引起震動，被譽為“鐵頭御史”。后受奸臣嚴嵩迫害，郭宗皋兩次被革職，其中后一次被貶謫戍守邊疆17年，直到隆慶元年，才被赦免，調(diào)回京城任用。