1934年8月于瑞金參加中國工農(nóng)紅軍，1936年初加入共青團(tuán)，同年6月加入中國共產(chǎn)黨；歷任紅軍班長、排長、連指導(dǎo)員。參加了二萬五千里長征。

抗日戰(zhàn)爭時期，邱世清歷任八路軍115師冀魯豫支隊副連長、指導(dǎo)員、營特派員；新四軍三師十旅兼淮海軍分區(qū)獨立團(tuán)政治處主任、副政委，第十旅供給部副政委、政委。

解放戰(zhàn)爭時期，邱世清任東北野戰(zhàn)軍第二縱隊5師衛(wèi)生部政委。

抗美援朝時期，邱世清任中國人民志愿軍第39軍后勤部副政委。參加了第一、第二、第三次戰(zhàn)役，后因嚴(yán)重胃病回國治療。