蕭穆初受業(yè)于朱道文(字魯岑)。青年時除讀經(jīng)史，致力于古文外，即留心朝章國故，注意網(wǎng)羅文獻，開始收書、抄書。時有族人買得舊書數(shù)千卷，蕭穆聞之趕往，日夜翻閱，并取數(shù)十部歸，中有禁書《孫麻山遺集》，驚喜過望。因之遍示友人，勸之抄錄副本。27歲時，為戴名世作《傳略》。

蕭穆先后游于文漢光、劉宅俊、方宗誠、吳汝綸、徐宗亮等文人學者門下。后又不憚跋涉遠訪，從之問業(yè)于江浙諸老學者有江寧汪士鐸(梅村)、嘉定錢秦吉(警石)，以及遵義莫友芝等，交天下有學問之人，讀天下難得見之書。蕭穆以窮鄉(xiāng)之寒士，后以淹雅博洽著名，終成為清末文獻收藏之名家。

穆生嚴酷好收買書籍，遇有善本孤本，不惜重價收購，典衣縮食，毫不顧慮。為學不專主一門，綜覽多書，愛好掌故，精于�？�。同治十一年(1872年)，他得曾國藩之助，到上海制造局翻譯館任編纂。在館30余年，親自勘校書籍900余種，以校刊羅念《鄂州小集》、徐鉉《騎省集》、劉大櫆《歷朝詩約選》、姚鼐《古文辭類纂》為最有名。黎庶昌偕他赴日本，遍交一時名人，名聲大振，四方公卿，必曰蕭穆。他尤重地志、譜牒，曾為《國安縣志》作《記》，取其中有關(guān)文獻異聞者，以意摘抄數(shù)十紙。又作《記景城紀氏家譜第三刻本》。晚年曾作《宿松縣志附記》及《記乾隆亳州志》等文。他對方志藝文類編寫提出自己的見解；又代人為《句容縣志》作序；并致書吳汝綸，論志書必當有圖，指出吳所作《深州志》無圖，實為憾事。

光緒末年，制造局總辦易人，穆不事逢迎，總辦藉口其老停其供職。時魏光燾任江南總督，來上海訪蕭穆，歡談3日，總辦大驚，即向穆謝過，并倍增薪俸。穆嘆息說：“真才實學，一錢不值，總督光臨，身價倍增，喜耶?悲耶?”遂謝絕增資，仍奉原薪。

蕭穆在日本時，日本的一些名流學者，多研究中國文學，并質(zhì)疑問難，穆一一為之分析原委，辨其異同，日人嘆服。然而他們認為穆的學問雖博洽，但未必能詩。日本名流宮島誠一郎邀請穆往游紅葉館，設宴招待。紅葉館是日本著名的游覽勝地，席中宮島起座，請穆為該館題詠；穆應題拈筆，賦古詩一首，近千字，席未終而詩成。穆因此名震東京，執(zhí)贄于門下的日本人源源而來。

蕭穆年70卒于上海，葬于會宮鄉(xiāng)蕭氏宗祠西。蕭穆一生致力于�？�，遺著僅有《敬孚類稿》16卷。

曾國藩任兩江總督時，薦入江南制造局翻譯館。善古文，精�？�，喜藏書。所藏書曾被火燒過一次，他又重加鳩集，歷時20余年，鄉(xiāng)邦文獻、宋元刻本、明清寫本，概在搜集之列。家有藏書樓曰“文征閣”、“敬止齋”，并編纂有《敬止齋所存書目》3冊，著錄藏書千余種，叢書30種。

蕭穆在上海，收入甚微，但節(jié)衣縮食，用以購書，故以一寒士而積藏書數(shù)萬卷；又精于鑒別，故藏書多為善本。穆收藏的魏光燾上代遺著，魏家無副本，聞之即攜重金求穆轉(zhuǎn)讓，穆笑說：“父祖的著述，應歸子孫保存，說什么錢財呢?”即歸其書。

所到之處皆留意流傳在外的中國古籍珍本，每每借觀抄錄，或?qū)懫淇夹Ｋ�得，如為《善鄰國寶記》作跋，為朱熹《四書集注》作《記》。先后閱讀了宋建安本《史記》和慶元本《西漢書》、日本舊刊《論語集解》及《孟子》(趙注)、日本舊抄書《大日本史》及日本舊刊《春秋經(jīng)卷集解》等書。抄錄了日本舊抄書《鄭成功遺跡碑銘》及《傳》等。在日本見有中國唐宋時所刊的古書10多種，而國內(nèi)很少流傳，力勸黎氏仿刻之，即世謂《古佚叢書》，人爭而愛之。

其學博綜群籍，喜談掌故，對顧炎武、全祖望諸家之書尤熟。復多見舊槧，考其異同，朱墨雜下。遇孤本多方勸刻，所校印之書百余種。家藏抄本有明錢秉鐙《藏山閣集·詩存》14卷、《文存》6卷、《田間尺牘》4卷，《所知錄》不分卷；黃宗羲《南雷余集》1卷，周卜政《周存齋遺文》1卷，《違礙書籍目錄》不分卷。卒后藏書散失，人獲為寶。藏書印有“蕭穆之藏書印”、“桐城蕭氏敬孚藏書”、“敬止齋圖書”、“敬甫”等。著有《敬孚類稿》、《敬孚遺稿》、《敬孚尺牘》等。