無錫南門外南塘人。4歲喪父，家境清貧，后考入南京江南水師學(xué)堂，在校加入同盟會(huì)，18歲畢業(yè)，成績優(yōu)異，實(shí)習(xí)后任“楚泰”艦二副。民國2年(1913年)任“豫章”艦大副、副艦長。民國6年，孫中山在廣州建立護(hù)法軍政府，海軍司令程璧光率“豫章”艦等10艘軍艦?zāi)舷�。新任廣東督軍莫榮新反，暗殺程璧光。丁祖庚指揮“豫章”艦炮擊莫榮新觀音山督府，保護(hù)孫中山。民國8年12月，丁祖庚調(diào)北京海軍部，任航海學(xué)校教官。民國10年，孫中山在廣州就任非常大總統(tǒng)，發(fā)動(dòng)第二次護(hù)法。民國11年，孫中山任命溫樹德為海軍司令，丁祖庚任海軍上校參謀長兼“肇和”艦教練。同年6月，陳炯明在廣州叛變，率軍圍攻總統(tǒng)府，丁祖庚駕“肇和”艦護(hù)送孫中山脫離險(xiǎn)境到達(dá)香港。丁祖庚還在廣州參與籌辦黃埔軍校。民國13年11月，孫中山北上后，丁祖庚辭職回家鄉(xiāng)，先集資在上海開辦廢花廠，后又集資在無錫郊區(qū)創(chuàng)辦志成農(nóng)場。丁于民國15年7月14日因肺病在無錫去世。