父克昌，至大間仕為監(jiān)察御史，以論事有名聲。元善由國子監(jiān)生積分中程，釋褐，除新州判官，累擢江南行臺監(jiān)察御史，歷中書左司郎中、吏部侍郎、吏部尚書、僉樞密院事。至正三年，拜中書參知政事。五年，遷大司農(nóng)卿，尋出為江南行御史臺中丞、燕南肅政廉訪使。九年，召拜中書左丞、同知經(jīng)筵事。十一年，丞相脫脫奏事內(nèi)廷，以事關(guān)兵機，而元善及參知政事韓鏞皆漢人，使退避，勿與俱，由是遂與右丞玉樞虎兒吐華同分省彰德以給饋餉。十二年，御史大夫也先帖木兒總兵討汝寧，元善至衛(wèi)輝，以病卒。

元善性純正，明達政體，揚歷臺閣三十余年，遂躋丞轄，以文學(xué)治才，羽翼廟謨，論議之際，秉義陳法，不偭鄉(xiāng)上官，國是所在，倚之以為重。嘗以謁告侍親居家，效范文正公遺規(guī)，置田百畝為義莊，以周貧族。至正交鈔初行，賜近臣各三百錠，元善復(fù)以買田六百畝，為義塾，延名士，以教族人子弟云。