黎光南先后在云南省藥品檢驗所、云南省藥材公司中藥研究所及云南省藥物研究所工作，從事醫(yī)藥事業(yè)及藥物研究工作近40年。1979年8月，她從省藥檢所調(diào)到省藥材公司中藥研究所工作，致力于云南特色中藥材、三七市場推廣及新用途開發(fā)研究。1982年，先后開發(fā)了“復(fù)方三七注射液”、“宮樂栓制劑”、提供藥典標準品、“人參二醇和人參三醇”，并發(fā)表了多篇科技論文，被全國抗衰老藥物食品協(xié)會聘為“特約研究員”。1983年被授予云南省勞動模范榮譽稱號。

1985年3月，黎光南調(diào)任云南省藥物研究所擔(dān)任所長職務(wù)（高級工程師）。在省委省政府大力倡導(dǎo)“科學(xué)技術(shù)必須面向經(jīng)濟建設(shè)主戰(zhàn)場”，“把云南資源優(yōu)勢轉(zhuǎn)變成為經(jīng)濟優(yōu)勢”的指示精神鼓舞下，提出要充分發(fā)揮云南植物藥資源優(yōu)勢，為振興邊疆民族經(jīng)濟，實實在在地做點事。她帶頭深入少數(shù)民族貧困地區(qū)進行資源調(diào)查，了解到這些地區(qū)由于缺乏科學(xué)技術(shù)和文化，才形成“富有”和“貧困”強烈反差的“怪圈”，決心要充分利用研究所特有的人才優(yōu)勢和雄厚的技術(shù)力量搞智力支邊，派科技人員下鄉(xiāng)進行橫向服務(wù)。1985年5月至1988年8月，她曾兩次奔赴麗江、西雙版納、德宏、保山、文山等縣；三次奔赴大理、楚雄，五次下河口，進行藥用植物資源調(diào)查。她的足跡，幾乎遍及全省邊疆地區(qū)的山山水水。針對藥物研究周期長、投資大的特點，她提出了在長期項目的研究過程中發(fā)展短、平、快項目。選準一些投資少、周期短、“吹糠見米”的短期收效項目，通過聯(lián)合開發(fā)，幫助邊疆地區(qū)迅速脫貧致富。

1986年3月，黎光南帶隊到西雙版納與傣醫(yī)傣藥研究所簽訂了十年友好姐妹合同，免費為他們培訓(xùn)與課題有關(guān)的科技人員；與文山州勞改農(nóng)場建立以“三七”開發(fā)為中心的科研掛鉤關(guān)系，為扶持民族地區(qū)進行了各種有償、無償?shù)募夹g(shù)服務(wù)和技術(shù)咨詢。先后派出科技人員下鄉(xiāng)共100多人次，僅她本人負責(zé)或帶領(lǐng)科技人員完成的項目就有河口和屏邊肉桂品種的鑒定和商品桂的加工工藝、彌渡縣罐頭廠菠蘿汁發(fā)酵工藝技術(shù)；與楚雄州蠶種廠聯(lián)合開發(fā)的桑葚酒；在西雙版納、元陽、河口、瑞麗等地利用菠蘿脯加工剩余的菠蘿皮、果心廢料，綜合利用和提煉菠蘿蛋白酶的生產(chǎn)工藝；為彌渡縣淀粉廠的復(fù)蘇所做的大量考察和論證；膽紅素的提取工藝技術(shù)；文山州“三七系列”產(chǎn)品的開發(fā)研究；從蠶砂中提取葉綠素的工藝研究；人工引流熊膽汁研究及滄源縣保健茶研究等十多個項目的開發(fā)利用。

1988年完成了云南河口肉桂研究鑒定的課題，為云南省肉桂生產(chǎn)創(chuàng)造了較好的社會效益和經(jīng)濟效益，并獲省醫(yī)藥局科研成果二等獎。1990年，黎光南作為主要研究人員，擔(dān)任云南人工引流熊膽科研項目的化學(xué)成分的研究工作，證明了活熊引流同殺熊取膽的藥用價值和化學(xué)成分一致，為屏邊和楚雄的熊膽粉系列藥物生產(chǎn)提供了可靠的科學(xué)依據(jù)，被衛(wèi)生部批準為國家中藥一類新藥，促進了醫(yī)藥生產(chǎn)的發(fā)展。此項成果獲得省科技進步三等獎及省優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品二等獎。為了攻克癌癥，黎光南受著名軍醫(yī)黃傳貴的委托，從1990年開始，擔(dān)任“黃氏抗癌粉”Ⅰ號和Ⅱ號抗癌藥作用的研究項目總設(shè)計，提出活性成分，經(jīng)裸鼠人癌模擬治療試驗，科學(xué)地證實了Ⅰ號和Ⅱ號藥物抗癌的顯著效果，于1991年和1992年通過了全軍醫(yī)藥鑒定，兩次獲得成都軍區(qū)三等獎。由黎光南主編、云南科技出版社出版的130萬字的《云南中藥志》第一卷榮獲首屆全國優(yōu)秀文獻圖書及醫(yī)學(xué)工具書銀質(zhì)獎，并獲西南、西北地區(qū)1990-1991年優(yōu)秀科技圖書一等獎。

1985年當(dāng)選為中共云南省委委員；1986年被授予全國醫(yī)藥系統(tǒng)勞動模范稱號；1990年榮獲全國先進工作者稱號；同年，再次當(dāng)選為中共云南省委委員。1992年，她被國家醫(yī)藥總局評定為“七五”期間先進個人，并被省醫(yī)藥系統(tǒng)提名推薦為出席云南省第二次民族團結(jié)進步表彰大會的先進個人。