黎光南先后在云南省藥品檢驗(yàn)所、云南省藥材公司中藥研究所及云南省藥物研究所工作，從事醫(yī)藥事業(yè)及藥物研究工作近40年。1979年8月，她從省藥檢所調(diào)到省藥材公司中藥研究所工作，致力于云南特色中藥材、三七市場(chǎng)推廣及新用途開(kāi)發(fā)研究。1982年，先后開(kāi)發(fā)了“復(fù)方三七注射液”、“宮樂(lè)栓制劑”、提供藥典標(biāo)準(zhǔn)品、“人參二醇和人參三醇”，并發(fā)表了多篇科技論文，被全國(guó)抗衰老藥物食品協(xié)會(huì)聘為“特約研究員”。1983年被授予云南省勞動(dòng)模范榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)。

1985年3月，黎光南調(diào)任云南省藥物研究所擔(dān)任所長(zhǎng)職務(wù)（高級(jí)工程師）。在省委省政府大力倡導(dǎo)“科學(xué)技術(shù)必須面向經(jīng)濟(jì)建設(shè)主戰(zhàn)場(chǎng)”，“把云南資源優(yōu)勢(shì)轉(zhuǎn)變成為經(jīng)濟(jì)優(yōu)勢(shì)”的指示精神鼓舞下，提出要充分發(fā)揮云南植物藥資源優(yōu)勢(shì)，為振興邊疆民族經(jīng)濟(jì)，實(shí)實(shí)在在地做點(diǎn)事。她帶頭深入少數(shù)民族貧困地區(qū)進(jìn)行資源調(diào)查，了解到這些地區(qū)由于缺乏科學(xué)技術(shù)和文化，才形成“富有”和“貧困”強(qiáng)烈反差的“怪圈”，決心要充分利用研究所特有的人才優(yōu)勢(shì)和雄厚的技術(shù)力量搞智力支邊，派科技人員下鄉(xiāng)進(jìn)行橫向服務(wù)。1985年5月至1988年8月，她曾兩次奔赴麗江、西雙版納、德宏、保山、文山等縣；三次奔赴大理、楚雄，五次下河口，進(jìn)行藥用植物資源調(diào)查。她的足跡，幾乎遍及全省邊疆地區(qū)的山山水水。針對(duì)藥物研究周期長(zhǎng)、投資大的特點(diǎn)，她提出了在長(zhǎng)期項(xiàng)目的研究過(guò)程中發(fā)展短、平、快項(xiàng)目。選準(zhǔn)一些投資少、周期短、“吹糠見(jiàn)米”的短期收效項(xiàng)目，通過(guò)聯(lián)合開(kāi)發(fā)，幫助邊疆地區(qū)迅速脫貧致富。

1986年3月，黎光南帶隊(duì)到西雙版納與傣醫(yī)傣藥研究所簽訂了十年友好姐妹合同，免費(fèi)為他們培訓(xùn)與課題有關(guān)的科技人員；與文山州勞改農(nóng)場(chǎng)建立以“三七”開(kāi)發(fā)為中心的科研掛鉤關(guān)系，為扶持民族地區(qū)進(jìn)行了各種有償、無(wú)償?shù)募夹g(shù)服務(wù)和技術(shù)咨詢(xún)。先后派出科技人員下鄉(xiāng)共100多人次，僅她本人負(fù)責(zé)或帶領(lǐng)科技人員完成的項(xiàng)目就有河口和屏邊肉桂品種的鑒定和商品桂的加工工藝、彌渡縣罐頭廠菠蘿汁發(fā)酵工藝技術(shù)；與楚雄州蠶種廠聯(lián)合開(kāi)發(fā)的桑葚酒；在西雙版納、元陽(yáng)、河口、瑞麗等地利用菠蘿脯加工剩余的菠蘿皮、果心廢料，綜合利用和提煉菠蘿蛋白酶的生產(chǎn)工藝；為彌渡縣淀粉廠的復(fù)蘇所做的大量考察和論證；膽紅素的提取工藝技術(shù)；文山州“三七系列”產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)研究；從蠶砂中提取葉綠素的工藝研究；人工引流熊膽汁研究及滄源縣保健茶研究等十多個(gè)項(xiàng)目的開(kāi)發(fā)利用。

1988年完成了云南河口肉桂研究鑒定的課題，為云南省肉桂生產(chǎn)創(chuàng)造了較好的社會(huì)效益和經(jīng)濟(jì)效益，并獲省醫(yī)藥局科研成果二等獎(jiǎng)。1990年，黎光南作為主要研究人員，擔(dān)任云南人工引流熊膽科研項(xiàng)目的化學(xué)成分的研究工作，證明了活熊引流同殺熊取膽的藥用價(jià)值和化學(xué)成分一致，為屏邊和楚雄的熊膽粉系列藥物生產(chǎn)提供了可靠的科學(xué)依據(jù)，被衛(wèi)生部批準(zhǔn)為國(guó)家中藥一類(lèi)新藥，促進(jìn)了醫(yī)藥生產(chǎn)的發(fā)展。此項(xiàng)成果獲得省科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)及省優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品二等獎(jiǎng)。為了攻克癌癥，黎光南受著名軍醫(yī)黃傳貴的委托，從1990年開(kāi)始，擔(dān)任“黃氏抗癌粉”Ⅰ號(hào)和Ⅱ號(hào)抗癌藥作用的研究項(xiàng)目總設(shè)計(jì)，提出活性成分，經(jīng)裸鼠人癌模擬治療試驗(yàn)，科學(xué)地證實(shí)了Ⅰ號(hào)和Ⅱ號(hào)藥物抗癌的顯著效果，于1991年和1992年通過(guò)了全軍醫(yī)藥鑒定，兩次獲得成都軍區(qū)三等獎(jiǎng)。由黎光南主編、云南科技出版社出版的130萬(wàn)字的《云南中藥志》第一卷榮獲首屆全國(guó)優(yōu)秀文獻(xiàn)圖書(shū)及醫(yī)學(xué)工具書(shū)銀質(zhì)獎(jiǎng)，并獲西南、西北地區(qū)1990-1991年優(yōu)秀科技圖書(shū)一等獎(jiǎng)。

1985年當(dāng)選為中共云南省委委員；1986年被授予全國(guó)醫(yī)藥系統(tǒng)勞動(dòng)模范稱(chēng)號(hào)；1990年榮獲全國(guó)先進(jìn)工作者稱(chēng)號(hào)；同年，再次當(dāng)選為中共云南省委委員。1992年，她被國(guó)家醫(yī)藥總局評(píng)定為“七五”期間先進(jìn)個(gè)人，并被省醫(yī)藥系統(tǒng)提名推薦為出席云南省第二次民族團(tuán)結(jié)進(jìn)步表彰大會(huì)的先進(jìn)個(gè)人。