1989年7月以后分配到聊城師范學院歷史系（今聊城大學歷史文化學院）任教。其中，1999年9月至2000年7月在中國人民大學黨史系作訪問學者，2001年榮獲聊城師范學院十大師德標兵稱號，2003年晉升教授，2003年9月起在北京師范大學歷史系攻讀博士學位，因主持國家項目，延期畢業(yè)。在攻讀碩士學位期間，趙樹好在導師胡濱教授和王守中教授的引導下，開始從事晚清教案（中國人民反對西方基督教會斗爭）史研究。碩士論文《晚清教案研究中的若干問題》受到答辯專家的好評。聊城大學有關(guān)教案史的材料極少。為了搞好研究，趙樹好不惜代價，從北京、上海、天津、濟南等地購買、復印了大量資料，并通過交換的方式，從臺灣和日本學者手里換得近200冊重要圖書。這些圖書，為他的研究打下堅實的基礎(chǔ)。趙樹好在北京作訪問學者和讀博士學位的機會，得到了業(yè)師程歗教授、鄭師渠教授的精心指導。此外，他還拜訪中國歷史學前任會會長、中國人民大學戴逸教授、北京大學林華國教授、北京師范大學張守常教授、中國社會科學院莊建平教授、中國義和團研究會會長、博士生導師、南開大學陳振江教授、中國義和團研究權(quán)威學者、中國義和團研究會顧問、山東大學路遙教授、李德征教授，臺灣著名歷史學家張玉法教授、臺灣最著名的教案專家呂實強教授、日本東京外國語大學左騰公彥等，從而大大提高學術(shù)水平。他先后在大陸和臺灣的《教學與研究》、《光明日報》、《史學月刊》、《人文雜志》、《山東師范大學報》、《學�！返入s志發(fā)表論文40余篇，有10余篇被中國人民大學復印報刊資料《宗教》、《高等學校文科學報文摘》、《中國簡報》、《文史哲》、《歷史研究》、《中國歷史年鑒》及多部專著復印、轉(zhuǎn)載、介紹或引用。趙樹好擔任負責人并獨立承擔的山東省哲學社會科學“九五”規(guī)劃青年項目《教案與晚清社會》（中國文史出版社2001版）受到學術(shù)界的好評，并獲山東省教委三等獎。2002年，趙樹好申報的山東省哲學社會科學規(guī)劃研究重點項目：《基督教與晚清外交》（02BLJ02），獲準立項，現(xiàn)已完成初稿，正在修改定稿。趙樹好主持的國家清史纂修工程《史表·清代教案表》（200410120403003）于2004年7月立項。本項目已結(jié)項，受到相關(guān)專家的好評。

趙樹好從事歷史教學和研究20余年，工作認真負責，對事業(yè)追求執(zhí)著，在國內(nèi)學術(shù)界占有一席之地，為聊城大學的教育事業(yè)和中國的史學研究作出了貢獻。

主要學術(shù)成果：

1、省級項目——山東省哲學社會科學“九五”規(guī)劃青年項目《教案與晚清社會》，中國文聯(lián)出版社2001年7月出版。本書獲山東省教委2002年哲學社會科學三等獎。

2、英國與甲午戰(zhàn)爭，載《學�！�1997年第1期，該文被中國人民大學復印報刊資料1997年第5期全文復印。

3、晚清教案發(fā)展階段新探，載《義和團運動100周年國際學術(shù)討論會論文集》，山東大學出版社2002年版。本文被《歷史研究》2001年第1期介紹。

4、論近代中國早期教案的起因和特點，載《史學月刊》（核心期刊）1998年第2期，該文被中國人民大學復印報刊資料1998年第9期全文復印。

5、論晚清習俗教案，載《人文雜志》（核心期刊）1998年第5期，該文被1999年5月出版的《中國歷史學年鑒》介紹。

6、義和團運動后教案特點的量化分析，載《河南大學學報》（核心期刊）1998年第6期。

7、晚清基督教與佛教的沖突，載《山東師范大學學報》（核心期刊）2002年第2期。

8、晚清教案起因的量化分析，載《人文雜志》（核心期刊）1996年第2期。該文被中國人民大學復印報刊資料《宗教》1996年第4期全文復印，《史學研究新視野》（山東大學出版社1997年版）摘要介紹。

9、義和團百年研究回眸，載《教學與研究》（核心期刊，教育部委托中國人民大學主辦）2000年第5期。

10、英國與天津教案，載《人文雜志》（核心期刊）1997年第3期。

11、讀《清季民教沖突的量化分析》，載《教學與研究》（臺灣師范大學文學院主辦）第18期，1996年12月5日出版。

12、建國以來反教會斗爭研究的回顧與展望，載中國義和團研究會編：《義和團運動研究100年》，齊魯書社2000年版。

13、炮艦政策與晚清教案，載《延安大學學報》2001年第4期。

14、傅斯年民主思想初探，載《煙臺師范學院學報》2002年第1期，該文被中國人民大學復印報刊資料《中國現(xiàn)代史》2002年第7期全文復印。

15、社會問題與晚清教案初探，載《聊城師范學院學報》2001年第5期（8000字，獨立完成）。

16、義和團：一個百年之謎，載《北京日報》2000年9月4日，該文被中國人民大學復印報刊資料2000年第10期全文復�。�3000字，合作第二位）。

17、近代教案規(guī)律淺析，載《學苑采英》，中州古籍出版社1990年版。該文被戚其章、王如繪教授主編的《晚清教案紀事》（東方出版社1990年版）、廖一中、李運華研究員的論文《論近代教案》（《貴州社會科學》1993、1）、徐梁伯研究員的論文《反洋教斗爭中的農(nóng)民愛國主義探微》（載《近代中國教案新探》，黃山書社1993年版）和王守中教授所著的《山東教案與義和團》（中國文聯(lián)出版社2000年版）引用（9600字，獨立完成）。

18、基督教會與中法戰(zhàn)爭研究中的幾個問題，載《聊城師范學院學報》1998年第1期，該文被《高等學校文科學報文摘》1998年第4期摘要轉(zhuǎn)載（6560字，獨立完成）。

19、傅斯年與臺灣大學，載《團結(jié)報》1996年12月21日，該文被《中國簡報》1997年1月4日摘要轉(zhuǎn)載

20、近代周村企業(yè)家的經(jīng)營之道，載《周村開埠與山東省近代化》，山東大學出版社1996年版。