在2004年“立法委員”選舉，尹代表“臺聯(lián)”當選云林縣“立委”。但在2007年，“臺聯(lián)黨”內(nèi)有人質疑紅衫軍涉入黨務、“臺聯(lián)”背離原本理想及與民進黨走太近而遭開除黨籍。尹伶瑛為了聲援遭開除黨籍的廖本煙及黃宗源，質疑“臺聯(lián)黨”中央引進紅衫軍以及未按黨綱處理開除事務，與臺北市“立委”黃適卓共同聲援。之后與云林縣黨部主委等一百零一位云林黨員公開宣布退出“臺聯(lián)”，加入民進黨黨團運作。尹與黃退出“臺聯(lián)”之后，一周內(nèi)“臺聯(lián)”民代陸續(xù)退黨，形成“臺聯(lián)”創(chuàng)黨以來最大規(guī)模最嚴重的出走潮。

退黨之后，尹變成無黨籍，與民進黨的劉建國決定以民調決定誰出馬角逐云林縣云林縣第二選區(qū)“立委”。2008年1月10日，民進黨主席陳水扁在云林縣斗南鎮(zhèn)德化堂前要求選民不能“分票”（分散投票）給尹；尹及其支持者在德化堂外拉起寫著“呣通投黑道”（不要投票給黑道）五字的帆布，尹本人也高喊“呣通投黑道”，諷刺劉有黑道背景。開票結果，尹劉二人皆落選。