歷任湖北省政府辦公廳經濟處主任科員、計財處副處長、計劃財貿處處長、計劃財稅處處長、人事處處長；

湖北省清江水電投資公司黨組成員、副總經理等職務；

2005年2月至2008年6月，擔任湖北省能源集團有限公司黨委書記、副總經理；

2008年6月至今，擔任湖北能源集團股份有限公司副董事長、黨委副書記。（正職級）

兼任湖北宣恩洞坪水電有限責任公司董事長。

2016年12月27日，政協(xié)湖北省第十一屆委員會第十七次常委會議通過，由于達到退休年齡、工作變動原因，決定：巫軍同志不再擔任省政協(xié)常務委員、提案委員會副主任、委員職務。