歷史沿革

據(jù)史料記載：杰.貢嘎頓珠于藏歷第七繞迥的土豬年(公元1419年，也就是宗喀巴大師圓寂的那一年)，出生于后藏“乃寧”之地，幼年在那塘寺剃度出家，聞修了各種教法。后跟杰·袞頓珠巴修習(xí)《量釋集論》經(jīng)，此后游歷前藏，在“哲蚌根培林”聽杰·喜饒森格和堪欽白洛講法，最后進(jìn)入下密院修行密法。其46歲時也就是藏歷第八繞迥的木猴年(公元1464年)，因與下密院堪布扎西堅(jiān)贊不睦，遂帶領(lǐng)六弟子和一些密宗法器、經(jīng)典，來到衛(wèi)堆窮木達(dá)內(nèi)一色娃隆山洞開始研習(xí)密宗。次年與強(qiáng)孜貢噶扎西遷到強(qiáng)巴林寺修行。

貢嘎頓珠來到“色娃隆”修行密宗時，開始只有六弟子，以后發(fā)展到32人，神像增加到32尊。其在傳授密宗的同時，撰寫了《宗喀巴大師傳》和《濟(jì)尊·喜饒森格大師傳》，規(guī)定每年召集一次僧眾大會。大約過了10年左右，堪布扎西堅(jiān)贊升任為噶丹強(qiáng)孜曲杰后，迎請其來下密院任堪布，但他未去上任，繼續(xù)留在強(qiáng)巴林寺傳授密法。家住后藏乃寧地方。幼年到納塘寺隨杰·貢巴頓珠出家受沙彌戒（即三十六戒），研習(xí)《釋量論》（即羅輯學(xué)）并游學(xué)到拉薩哲蚌根培林（即哲蚌寺后山“根培日措”）聽杰·喜饒僧格（宗喀巴的密巴宗繼承者）和堪欽白洛講經(jīng)傳法，后進(jìn)入下密院修習(xí)密法。1464年因與下密院不睦，而帶其六名徒弟到衛(wèi)堆窮木達(dá)的塞哇壟山洞靜修密宗教法，成就甚著并開始弘傳�？塾�1485年以密漢及祈禱制止了拉薩大水災(zāi)。1487年2月圓寂，享年68歲。杰·貢嘎頓珠生前囑咐：“我死后將我的心臟和舌頭為新造佛像裝藏，腦袋骨作為供器�！焙髞淼茏觽冏裾账鶉趯⑿呐K和舌頭裝入一尊新制金佛像腹內(nèi)，一直供奉在上密院內(nèi)；腦袋骨作為供水碗放在直貢拉孜袞薩寺內(nèi)。

藏歷第八繞迥的木蛇年(公元1485年)，拉薩吉曲河洪水泛濫，后請杰·貢嘎頓珠來吉曲河邊進(jìn)行祈禱活動，第二天，洪水下降，免除了一場大的災(zāi)難。當(dāng)時的溫薩·達(dá)隆巴為獎勵其治水有功，故頒發(fā)封文執(zhí)照，將小昭寺封賜給上密院，作為扎巴修行場所。

藏歷第十二繞迥的鐵兔年(公元1711年)，藏王拉藏汗視上密院為宗喀巴黃教密宗的正宗寺院，在達(dá)隆巴封文的基礎(chǔ)上，又頒發(fā)了將小昭寺、釋迦牟尼像、拉章，所屬經(jīng)堂等等永遠(yuǎn)歸屬上密院的封文執(zhí)照。

藏歷第八繞迥的火馬年(公元1468年2月6日)貢嘎頓珠圓寂于強(qiáng)巴林寺，終年68歲。貢嘎頓珠圓寂后，留其心臟、舌頭、腦骨，其余火焚，后將其心、舌裝入一新制造的一肘長金佛像放在小昭寺內(nèi)，腦骨放在直貢地方的“拉孜袞薩寺”內(nèi)。其圓寂后，停止兩年修行密宗。從公元1488年，復(fù)又在小昭寺修行密宗。

小昭寺建于吐蕃時期，當(dāng)時吐蕃贊普松贊干布迎請?zhí)瞥�文成公主和尼泊爾尺尊公主以后，分別在拉薩建立了兩所寺院，一所是大昭寺，為尼泊爾尺尊公主的住所，一所是小昭寺，為文成公主的住所，寺內(nèi)并放有文成公主從內(nèi)地帶來的釋迦牟尼佛像。小昭寺占地面積19.73畝。主廳三層，占地面積為2.27畝。主廳第一層為一大經(jīng)堂，占地面只為1畝。后面有一佛塔，高30.7米。占地面積為0.2米。全寺房屋約50間左右。

小昭寺在1711年改為上密院修行場所以后，在西藏社會上聲譽(yù)更提高了一步。乾隆二十五年(公元1760年)，清乾隆帝御賜“耆閬真進(jìn)”一匾額。說明了清朝皇帝對其評價是很高的，也是很重視的。

上密院設(shè)有堪布一人，管理全寺院政、教兩務(wù)，寺院內(nèi)之一切重大事情亦歸其管理。喇嘛烏孜一人，格貴一人，強(qiáng)佐六人。除強(qiáng)佐外其余均由拉薩三大寺內(nèi)取得“格西拉然巴”學(xué)位的僧人來擔(dān)任，都必須經(jīng)過達(dá)賴或攝政的任免。任期與下密院同。

上密院所屬溪卡據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)為36座，下屬7個支寺，原有康村25個，后改編為5個，扎巴人數(shù)額定500人，但有時少至200人，多至1000人不等。因?yàn)樯�、下密院的僧人，不僅生活制度非常嚴(yán)格，而且修行程度也是很艱苦的，所以有的已考取格西學(xué)位的僧人來到這里報(bào)個名，便退學(xué)。上、下密院退學(xué)的僧人很多，可以隨來隨去，寺院本身不加以限制，所以僧眾人數(shù)很不穩(wěn)定。

上、下密院的經(jīng)濟(jì)來源主要依靠各種布施和本寺院所屬莊園的供給，西藏地方政府規(guī)定免去其兵差及各種苛捐雜稅，享有很高的待遇，是一個經(jīng)濟(jì)獨(dú)立的寺院組織。其每年要在三大寺、布達(dá)拉宮、大昭寺、覺布隆、堆龍、窮木達(dá)、扎雅爾等處進(jìn)行一次佛事活動。

上、下密院名義上屬于甘丹寺的密宗扎倉，但實(shí)際上、下密院與甘丹寺是平行的關(guān)系，是互不相屬的。哲蚌寺、色拉寺雖有密宗扎倉，但是上、下密院比它們的密宗扎倉高一級，所以三大寺的僧人只有在學(xué)習(xí)顯宗完畢后，如欲繼續(xù)學(xué)習(xí)密宗，才能進(jìn)入這個密宗學(xué)院。

上、下密院的僧人生活艱苦，制度嚴(yán)格，他們每天要上四堂殿，第一堂殿從半夜兩點(diǎn)鐘開始，無論寒暑都得赤足坐在用鵝卵石鋪成的固定的位置上修煉，所以深受廣大藏族人民的信仰和愛戴，在社會上享有很高的聲譽(yù)。

上密院規(guī)定僧員500人，定編5個康村，設(shè)堪布1人，統(tǒng)管全寺政、教事條，處理寺內(nèi)外一切重大事宜；設(shè)喇嘛翁則1人，專管宗教活動，領(lǐng)導(dǎo)寺僧學(xué)修密法；格貴1人，總管教規(guī)定寺規(guī)的行執(zhí)行；強(qiáng)佐6人，分管地屬莊園及僧眾的生活供應(yīng)。除強(qiáng)佐外，堪布、翁則、格貴均必須由拉薩三大寺取得“格西拉讓巴”學(xué)位的學(xué)者擔(dān)任，其任免必經(jīng)達(dá)賴或攝政王審批。該寺有“文革”時期被破壞，后由政府撥款修復(fù)，現(xiàn)有六十多名僧人從事密宗教法的習(xí)修。