一九三一年畢業(yè)于日本陸軍大學校第四十三期，晉升為步兵中尉，因成績優(yōu)良，系該期畢業(yè)生總分第二名，被選派為出國留學研究生，以駐蘇使館副武官身分，專門從事軍事研究，進行對蘇作戰(zhàn)準備。從一九三三年起，任參謀本部作戰(zhàn)課參謀，晉升為步兵大尉，頻頻出沒于中國東北地區(qū)，參加對蘇、對華作戰(zhàn)的陰謀策劃活動。一九三九年三月九日，任參謀本部作戰(zhàn)課部員，積極參與了諾門坎事件的策劃和作戰(zhàn)指揮活動，同年九月八日調(diào)任關(guān)東軍司令部作戰(zhàn)主任參謀。諾門坎作戰(zhàn)后，于十二月一日返回參謀本部繼續(xù)任作戰(zhàn)課部員。一九四一年五月二十日調(diào)任中國派遣軍第十一軍高級參謀，再次入侵中國。

赴任后，于六月上旬參加了“第二次長沙作戰(zhàn)”計劃的制定，提出作戰(zhàn)目的“應為粉碎中國軍隊的抗戰(zhàn)力量，給西部第九戰(zhàn)區(qū)軍隊極大打擊”，決不只是“占領(lǐng)地方”和“奪取物資”。九月十五日戰(zhàn)役開始，島村從始至終參加了這次作戰(zhàn)指揮。二十八日第十一軍占領(lǐng)長沙，二十九日其先頭部隊進入株洲，達到預期作戰(zhàn)目的。十月一日黃昏開始撤退。此時，中國軍隊集中十五個師的兵力于十月十日大舉反攻，給第十一軍以重創(chuàng)，十月二十六日戰(zhàn)役結(jié)束，第十一軍共傷亡七千人。

一九四二年六月一日，島村應召返回日本國內(nèi)，任陸軍大學校教官兼參謀本部部員。一九四三年八月二日，晉升為陸軍大佐，九月二十五日調(diào)任大本營參謀兼聯(lián)合艦隊參謀。一九四四年三月四日，又兼任中部太平洋方面艦隊參謀，駐在馬里亞納群島。日本視馬里亞納群島為“日本命運的最后戰(zhàn)略防線”、“太平洋上的防波堤”，駐有航空母艦、戰(zhàn)列艦、巡洋艦、驅(qū)逐艦共五十六艘，飛機四百五十架，陸海軍總兵力五萬四千余人。從六月十一日起，美軍出動一千八百架飛機、五百余艘艦艇，共十二萬七千余人的總兵力，發(fā)動馬里亞納海戰(zhàn)，這是第二次世界大戰(zhàn)史上規(guī)模最大的海上大決戰(zhàn)。當時，島村矩康正在塞班島，從始至終參加了這次海戰(zhàn)。七月六日美軍占領(lǐng)塞班島，八月三日占領(lǐng)提尼安島，八月十一日又占領(lǐng)關(guān)島，至八月中旬，日軍駐馬里亞納群島的陸軍第三十一軍及中部太平洋艦隊全部覆滅。

島村矩康長期在陸海軍高級指揮機關(guān)任參謀人員，深知戰(zhàn)爭內(nèi)幕，又親身經(jīng)歷了日本海戰(zhàn)史上、也是世界海戰(zhàn)史上規(guī)模最大、最殘酷的一次海戰(zhàn)，頗有感觸，在大海戰(zhàn)開始不久，從六月十九日即開始在軍艦上用毛筆陸續(xù)寫下一份長達五十頁的《重建國家方案》，主要觀點有：（1）日、德、意三國同盟是死亡的聯(lián)合，日本應在德、蘇開戰(zhàn)時退出；（2）大東亞戰(zhàn)爭已成為消耗戰(zhàn)；（3）日軍的失利在于被美國的物質(zhì)力量所壓倒。日軍敗于電子器材（雷達）和航空兵的數(shù)量、大型飛機的可靠性、科學技術(shù)的劣勢，以及生產(chǎn)的機械化和效率；（4）制定國策的第一原則在于所采取的方針政策應經(jīng)常與國力、形勢相適應；（5）昭和時代最可悲的是沒有偉大的政治家和優(yōu)秀的高級軍官；（6）歷來政治家與軍人密切合作，則國家成大業(yè)，軍人獨斷則大事難成；（7）戰(zhàn)爭的結(jié)束不是千篇一律的，既然作戰(zhàn)得不到輝煌成果，就需要靠非凡的政治力量；（8）德川幕府為了保存自己而禁槍炮，采用一人對一人的武士方式?jīng)Q出勝負，在昭和時代仍因循舊習，輕視武器，以人代彈，這是思想僵化；（9）明治以來的教育制度不完備，導致文武脫離，文則文弱不知武，武則專武而不知治世方略。日俄戰(zhàn)爭以后，人心渙散，第一次世界大戰(zhàn)以后更加嚴重。雖有政治學，也只是翻譯本。在這九條之后，島村矩康寫了“待續(xù)”兩個字，然而不知什么原因，在馬里亞納海戰(zhàn)后的幾個月時間里，卻沒有再續(xù)寫此文。他聲稱自己已不指望生還，才在軍艦上留下遺言。

一九四五年一月十五日，島村矩康在中國廣東省汕頭海面的一次作戰(zhàn)中斃命。死后，他的《重建國家方案》被發(fā)現(xiàn)，得到許多高級軍政官員的認同。