出身于封建地主家庭，自幼讀書，民國12年（1923）江蘇省立第七師范畢業(yè)，曾任小學(xué)、師范教員。

15年加入中國國民黨，任國民黨蕭縣縣黨部執(zhí)行委員。17年加中國共產(chǎn)黨，后脫黨。21年，任八區(qū)（黃口)區(qū)長、24年全縣10個(gè)區(qū)劃為5個(gè)區(qū)時(shí)任三區(qū)（袁圩）區(qū)長。25年西安事變后因發(fā)表反蔣言論被革職。民國26年七·七事變后，耿蘊(yùn)齋參加動(dòng)員民眾抗日工作，不久恢復(fù)中國共產(chǎn)黨黨籍。年底，復(fù)任三區(qū)（袁圩）區(qū)長。蕭縣淪陷后，他舉起抗日旗幟，組織近百人的游擊隊(duì)。次年6月下旬，他和孫叔平一起將隊(duì)伍帶至微山湖西部地區(qū)整頓，改編為“湖西人民抗日義勇隊(duì)第二總隊(duì)第十五大隊(duì)”。后與十六大隊(duì)、同回蕭后與十七大隊(duì)配合，在全縣開展抗日救亡活動(dòng)，擴(kuò)展壯大武裝力量。28年初，原部隊(duì)改編上升為主力部隊(duì)，他任湖西人民抗日義勇隊(duì)二總隊(duì)總隊(duì)長，在隴海鐵路以南配合新四軍開辟豫皖蘇抗日根據(jù)地。9月，調(diào)往湖西，時(shí)值“湖西蕭托”事件發(fā)生。他自帶一警衛(wèi)連返蕭，改任新四軍六支隊(duì)第三總隊(duì)總隊(duì)長。29年3月調(diào)任蕭縣抗敵總隊(duì)總隊(duì)長。該部隊(duì)改編為八路軍第四縱隊(duì)特務(wù)團(tuán)后，他任豫皖蘇邊區(qū)保安司令部司令。對(duì)此，他認(rèn)為是明升暗降，經(jīng)常發(fā)泄不滿。同年底，受國民黨頑固派策動(dòng)，同吳信容、劉子仁一起在蕭宿永邊境叛變，挾持部下近2000人投降湯恩伯，任國民黨蘇魯豫皖邊區(qū)游擊第一縱隊(duì)少將司令。不久調(diào)往湯部后方太和縣，被委以國民黨蘇魯豫皖邊區(qū)游擊副總指揮時(shí)空銜，終日閑居，無所事事。解放戰(zhàn)爭開始后，耿蘊(yùn)齋逃離湯部奔向解放區(qū)，向人民政府悔過自新。1951年曾被人民政府羈押。釋放后乃回家務(wù)農(nóng)。他在抗日戰(zhàn)爭和解放戰(zhàn)爭期間，曾把子女多人送進(jìn)革命隊(duì)伍，在革命陣營中俱已鍛煉成材。1962年在家病逝。