出身于封建地主家庭，自幼讀書，民國12年（1923）江蘇省立第七師范畢業(yè)，曾任小學、師范教員。

15年加入中國國民黨，任國民黨蕭縣縣黨部執(zhí)行委員。17年加中國共產(chǎn)黨，后脫黨。21年，任八區(qū)（黃口)區(qū)長、24年全縣10個區(qū)劃為5個區(qū)時任三區(qū)（袁圩）區(qū)長。25年西安事變后因發(fā)表反蔣言論被革職。民國26年七·七事變后，耿蘊齋參加動員民眾抗日工作，不久恢復中國共產(chǎn)黨黨籍。年底，復任三區(qū)（袁圩）區(qū)長。蕭縣淪陷后，他舉起抗日旗幟，組織近百人的游擊隊。次年6月下旬，他和孫叔平一起將隊伍帶至微山湖西部地區(qū)整頓，改編為“湖西人民抗日義勇隊第二總隊第十五大隊”。后與十六大隊、同回蕭后與十七大隊配合，在全縣開展抗日救亡活動，擴展壯大武裝力量。28年初，原部隊改編上升為主力部隊，他任湖西人民抗日義勇隊二總隊總隊長，在隴海鐵路以南配合新四軍開辟豫皖蘇抗日根據(jù)地。9月，調(diào)往湖西，時值“湖西蕭托”事件發(fā)生。他自帶一警衛(wèi)連返蕭，改任新四軍六支隊第三總隊總隊長。29年3月調(diào)任蕭縣抗敵總隊總隊長。該部隊改編為八路軍第四縱隊特務團后，他任豫皖蘇邊區(qū)保安司令部司令。對此，他認為是明升暗降，經(jīng)常發(fā)泄不滿。同年底，受國民黨頑固派策動，同吳信容、劉子仁一起在蕭宿永邊境叛變，挾持部下近2000人投降湯恩伯，任國民黨蘇魯豫皖邊區(qū)游擊第一縱隊少將司令。不久調(diào)往湯部后方太和縣，被委以國民黨蘇魯豫皖邊區(qū)游擊副總指揮時空銜，終日閑居，無所事事。解放戰(zhàn)爭開始后，耿蘊齋逃離湯部奔向解放區(qū)，向人民政府悔過自新。1951年曾被人民政府羈押。釋放后乃回家務農(nóng)。他在抗日戰(zhàn)爭和解放戰(zhàn)爭期間，曾把子女多人送進革命隊伍，在革命陣營中俱已鍛煉成材。1962年在家病逝。