民婦馬氏的 丈夫被殺，指控里胥曾經(jīng)有事求馬氏的丈夫，但馬氏的丈夫不答應(yīng)，因此認為是里胥殺死了馬氏的丈夫，令差 逮捕里胥治罪。但姚仲孫認為此案疑點很多，證據(jù)不足，極可能是冤案。知州王嗣宗發(fā)怒說:“你敢以自己的名譽擔(dān)保嗎?” 姚仲孫回答:“請不要執(zhí)行處死，待我再詳細調(diào)查。”復(fù)案兩個月之后，果然抓獲了真正的殺人兇手，除了冤案。

后來，姚仲孫調(diào)任邢州推官，轉(zhuǎn)資州。轉(zhuǎn)運使揭露富順監(jiān)獄疑案多冤，姚仲孫親審此案，其廉明公正，糾正了不少假案冤案，上奏朝廷，結(jié)果挽救了數(shù)十人的性命。資州的州官換了兩屆，都是昏庸無能之輩，凡大事總不能作主，都依賴姚仲孫解決。

后姚仲孫升任 大理寺丞，治 建昌縣。當(dāng)初，從建昌縣運茶葉到南康，常把茶葉露天堆積于路旁，很多茶葉都被雨露淋濕潮侵而霉爛，官員的腐敗導(dǎo)致商家大損破產(chǎn)，甚至無法賠償損失。姚仲孫瞭解到這個情況，其立即發(fā)動當(dāng)?shù)匕傩�，修檣砍樹，建筑倉庫，解決了這個問題，對商人和百姓都有利益。不久調(diào)往彭州任通判。姚仲孫積極練兵備戰(zhàn)，不因和平時期就松懈戰(zhàn)事， 姚仲孫還上奏就守衛(wèi)國家邊疆的措施。后又調(diào)往通判睦州，往徐州。當(dāng)年因旱災(zāi)鬧饑荒，政府詔令發(fā)官栗賑災(zāi)民，而當(dāng)?shù)刂鞴芄倮魠s沒有按時把糧食發(fā)到平民手中。姚仲孫一到徐州，即時將有關(guān)主管負責(zé)的官吏免職，當(dāng)夜按災(zāi)民戶籍核實后，及時將糧食發(fā)送到災(zāi)民家里。后姚仲孫升任尚書屯田員外郎。

王融守治 益州，辟通州判事。姚仲孫為右司諫。入內(nèi)都知閻文應(yīng)要求出任都知，姚仲孫歷數(shù)閻文應(yīng)的罪過，對皇上奏明：“方帝戒齋住在太廟，而閨文應(yīng)大聲喝罵醫(yī)官，聲聞行為不端。結(jié)果皇后暴薨，朝廷里里外外無不懷疑是閣文應(yīng)投毒。”皇上調(diào)閻文應(yīng)外出，任泰州兵馬鈐轄，而閻文應(yīng)稱身體有病而留在京城。姚仲孫再次論奏，才將閻文應(yīng)調(diào)出京都。

姚仲孫以起居舍人知諫院，管勾國子監(jiān)，以尚書戶部員外郎兼侍御知雜事。當(dāng)時諫議大夫共有二十名，姚仲孫說：“諫議大夫是朝廷之選，不宜以歲月序進。今諸位寺卿至前行郎中三十五名，貼近職者猶不在數(shù)，若以年勞授則數(shù)年之外，諫議大夫員益多。請艱其選，以處材望之臣，余悉次補卿監(jiān)。”于是詔令當(dāng)選者奏聽旨。當(dāng)初，各路復(fù)提點刑獄，不朝多任為省府官。姚仲孫建議考其才能分為三等， 優(yōu)良者 ， 合格者 調(diào)任，不合格者免職降黜，朝廷就詔令姚仲孫負責(zé)考試的一切事務(wù)。

姚仲孫歷任三司戶、度支、鹽選鐵副使，進天章閣待制，河北都轉(zhuǎn)運使。姚仲孫在職其間，還備戰(zhàn)而修城壘、積糧練兵。受到了仁宗皇帝的嘉獎，在任治澶州時，暴雨成災(zāi)，洪水沖壞的明公河堤，毀壞了橋梁。姚仲孫親自上堤指揮搶險，軍民奮戰(zhàn)了一夜，終下于堵住了洪水，修復(fù)好酒廠堤。姚仲孫守治大明府時，半夜率領(lǐng)官兵堵塞金河堤的決口，做得很堅固，當(dāng)年，澶州、魏州雖然暴雨洪水，但沒有對百姓造成危害損失，受到了當(dāng)?shù)毓倜竦母叨荣潛P。

不久，姚仲孫被詔入京， 任禮 部郎中， 龍圖閣學(xué)士。后出任陜西都轉(zhuǎn)運使，未赴任。后任三司使事。任職期間，著重西北邊境防務(wù)，招兵買馬屯糧備戰(zhàn)事。軍用經(jīng)費繁多雜亂，姚仲孫嚴格審計，細心合理調(diào)用，嚴令屬下挪用貪污。有時候身患疾病，但從未放松軍政財務(wù)管理，這樣得罪了那些貪官污吏，被他們聯(lián)名上奏，誣陷其貪污枉法，結(jié)果姚仲孫被貶任蔡州知府。

姚仲孫因母親去世， 悲傷過度，一只眼睛為此失明，不久身亡。