馬時芳出身于書香門第。父親是個小官吏，他14歲時便隨父親住在江西臨漕縣署中，就學(xué)于王宜震門下，開始接受儒學(xué)的啟蒙教育。父親任滿后，他又隨父返回故里，博覽儒家經(jīng)典，但終無大益。年近弱冠之時，他對李紱的《陸子學(xué)譜》、孫夏峰的學(xué)生趙御眾的親筆遺稿潛心鉆研，逐步形成了自己的理論和主張。乾隆四十八年（1783年），馬時芳22歲，考中鄉(xiāng)試副榜，但以后屢試不中，嘉慶十二年（1807年）試卷被房官橫抹，非常憤慨：“我偏偏不求文章中試官，只求文章中天下！”乃作歸詩，絕意進(jìn)取。十九年（1814年）受封丘教諭，道光七年（1827年）任鞏縣教諭，此時已是66歲。除執(zhí)教外，他仍專心從事理學(xué)研究。著有《樸麗子》、《求心錄》、《馬氏心書》等，總數(shù)不下百卷。馬時芳還擅長書法，筆力蒼勁有神，遺墨頗豐，時人多有珍藏。道光十七年（1837年），馬時芳病卒于鞏縣寓所，時年76歲。