1890年任江蘇丹陽(yáng)知縣，第二年，即1891年4月25日，因丹陽(yáng)百姓發(fā)現(xiàn)教會(huì)林地埋葬兒童尸首七十余具，育嬰堂內(nèi)也無(wú)一活嬰，群情激憤，放火燒毀了縣城天主教堂，史稱(chēng)“丹陽(yáng)教案”。此事也激起了鄰縣無(wú)錫、金匱、陽(yáng)湖、江陰、如皋等縣民眾的憤怒，燒教堂、反洋教、驅(qū)教士的斗爭(zhēng)彼此呼應(yīng)。 “丹陽(yáng)教案”與這些反洋教的活動(dòng)并稱(chēng)為“辛卯教案”，轟動(dòng)全國(guó)、震驚朝廷，也震驚了以英、法為代表的帝國(guó)主義列強(qiáng)。在外國(guó)列強(qiáng)的壓力下，清廷迅速派官兵彈壓。

查文清是一位富具愛(ài)國(guó)主義精神的知縣，他目睹了帝國(guó)主義傳教士的暴行，面對(duì)重重壓力，毫不畏懼。在接待前來(lái)查案的鎮(zhèn)江知府王仁堪時(shí)，因深知王仁堪為官為人之道，素有“直言敢諫、清流風(fēng)骨”之譽(yù)，所以向他毫不掩飾地道出了自己對(duì)教案的見(jiàn)解，并一起踏勘現(xiàn)場(chǎng)。面對(duì)孩尸“縱橫交錯(cuò)于地，或剜其目，或斷其肢，至慘酷無(wú)人理”的童尸亂葬地，王仁堪發(fā)出了“此其罪豈專(zhuān)在市民耶！”的感慨，二人心痛不已，竟相對(duì)痛哭流涕。

二人從現(xiàn)場(chǎng)返縣衙后，就案件的處理進(jìn)行磋商。查文清當(dāng)時(shí)正面臨一個(gè)難題：鄰縣已抓捕了燒毀教堂的民眾，但查卻違背上峰之命未抓捕任何人。丹陽(yáng)縣民也看到了查縣令的重重壓力，有感于他的大義凜然，已有二人自愿出頭領(lǐng)罪。如何處置這二位義士便是他急需解決的問(wèn)題。他向王仁堪提出此事。王仁堪說(shuō)：“你我就處置此事的看法各寫(xiě)一字，看能否一致。”于是，查、王二人手蘸茶水，各在桌上寫(xiě)了一個(gè)字。待二人看后，不禁呵呵大笑起來(lái)。只見(jiàn)桌上查寫(xiě)的是“放”、王寫(xiě)的是“走”，竟是不謀而合。肝膽相照的二人約定在“丹陽(yáng)教案”事件上“力為民請(qǐng)命、不濟(jì)則以官殉”。當(dāng)夜，查即將“自愿出頭領(lǐng)罪”的二位義士從牢中放出，囑咐他們當(dāng)夜即遠(yuǎn)走高飛。另有參與其事的三十多人（戶(hù)）也都在第二天一一通知，能外出投親靠友的，即行出走，待事畢后再看情況返回，就這樣他一肩扛下了“縱逸”的罪名。

由于查文清堅(jiān)持“事起倉(cāng)促，犯無(wú)主名，無(wú)從著追”，也由于他在“丹陽(yáng)教案”的鮮明立場(chǎng)，當(dāng)時(shí)朝廷中有正義感官員也紛紛向朝廷申明此案的緣由、冤屈。如四品給事中洪品良在當(dāng)年8月向朝廷奏折中寫(xiě)道“丹陽(yáng)教案始興┄┄起獲尸骸七十余具，血肉淋漓，慘不忍言，以故民咸抱憤、禍由教堂自取”；而王仁堪知府奏報(bào)上更有“名為天主堂，不應(yīng)有死孩骨；即兼育嬰局，不應(yīng)無(wú)活嬰兒”，認(rèn)為教堂被焚“禍由自召”。兩江總督劉坤一，雖不滿(mǎn)洋人洋教對(duì)中國(guó)民眾的欺壓剝削，但身為朝廷重臣，圣命在身，又不能不對(duì)教案進(jìn)行嚴(yán)厲鎮(zhèn)壓，“雖有霹靂手段，卻也菩薩心腸”。他欽佩查文清的為人，只是略施薄懲“甄別參革”。對(duì)“辛卯教案”的始發(fā)地的負(fù)責(zé)官員這樣處置也真難為他了，要知道，就該案他一共撤了五個(gè)知縣的職。

查文清縣令在處理“丹陽(yáng)教案”后，即辭官返鄉(xiāng)了（返鄉(xiāng)時(shí)，他將被當(dāng)?shù)刎?cái)主陷害并關(guān)押在牢中的和生悄悄帶回了海寧老家，和生直到抗戰(zhàn)時(shí)才病故。金庸把他的事演繹成了《連城訣》）。朝廷“甄別參革”時(shí)，他已在老家。平時(shí)作詩(shī)自?shī)�，也做了很多公益事業(yè)。他將查家行醫(yī)資料匯編成《查氏醫(yī)案》，還完成了《海寧查氏族譜續(xù)編》（查良鏗語(yǔ)。金庸先生說(shuō)是其祖父在此期間編了一部《海寧查氏詩(shī)鈔》。）但可惜都未刻印，查文清便去世了。

丹陽(yáng)人民對(duì)查文清縣令是十分感恩的。當(dāng)時(shí)朝廷為“辛卯教案”對(duì)二十一位百姓判了刑，但在丹陽(yáng)無(wú)一人逮捕判刑。查文清去世后，當(dāng)時(shí)經(jīng)他指點(diǎn)出逃的三十七戶(hù)人家及丹陽(yáng)幾十位士紳一起來(lái)海寧祭奠。到袁花后，問(wèn)明去查家的路后，三十七戶(hù)人家是三步一磕頭，一直跪拜至查家的。見(jiàn)墳地狹小，這些士紳和三十七戶(hù)人家共同出資，購(gòu)下了墳周?chē)�六十畝土地給查家，以示謝恩。更有一受恩于查文清的案件參與者留下遺囑：凡我子孫，生男者到查家為奴；生女者，到查家為妻、妾，如不納，為婢；如不用，才可另謀職業(yè)。良鏗先生的夫人即是這戶(hù)人家的孫女。可惜在為查家留下二子后即逝，良鏗先生也未續(xù)娶。

金庸先生在小說(shuō)《連城訣》后記中說(shuō)：“我祖父查滄珊公做知縣有成績(jī)，加了同知銜，不久就發(fā)生了著名的u2018丹陽(yáng)教案u2019”。他所講的“丹陽(yáng)教案”是我國(guó)歷史上有名的反帝斗爭(zhēng)事件，曾收入中學(xué)歷史教科書(shū)。查文清身為丹陽(yáng)縣令，在處理“教案”事件中表現(xiàn)出了反對(duì)帝國(guó)主義壓迫，不肯為自己的官位利祿而殺害百姓的高風(fēng)亮節(jié)，令后人敬佩。