后來，他升任廣西郁林（今廣西玉林）知州、遷云南武定同知等職。在云南武定府同知任上，適逢云南土司普名聲作亂，巡撫王伉讓楊于陛監(jiān)察統(tǒng)理軍事，兵敗被俘，為國而死。追贈為太仆少卿，官府給他建了一座祠廟，題名“精忠”。

在明朝萬歷年間，有一個“文學(xué)吏治兩擅其美”的人擔(dān)任了昌黎知縣，他就是四川劍州舉人楊于陛。

楊于陛是在萬歷四十四年（1616年）夏天到昌黎出任知縣的。他到任后，“撫民訓(xùn)士，補缺興廢；文學(xué)吏治，兩擅其美”。當(dāng)時，嘉靖四十五年（1567年）在知縣楚孔生主持下編修的《昌黎縣志》，已經(jīng)問世快60年了，需要重修；他自任主筆，在萬歷四十六年（1618年）將《昌黎縣志》重修一新。據(jù)清朝康熙二年（1663年）重修的《永平府志》記載，由他主筆重修的《昌黎縣志》，“筆削簡盡，詳略合法，仿佛龍門扶風(fēng)遺意”（現(xiàn)僅清華大學(xué)圖書館有藏本）。后來，他升任廣西郁林知州、遷云南武定同知等職。

楊于陛在昌黎任知縣期間，比較重視昌黎的文化建設(shè)，開掘昌黎的自然和人文景觀。他幾乎游遍了碣石山中的名勝古跡，留有不少記游和點景鐫刻。他除專門考察五里營村西北的石佛洞，撰有《混沌洞記》之外，還曾到又名“寶峰寺”的水巖寺尋訪古跡，撰有《寶峰寺紀(jì)游》，談到：“余以丙辰夏，受命來尹是邑。蒞治之明年春，事稍就理，欲搜古人遺跡，而覽山川勝概。于是攜二三僚友，登仙臺之巔，吊湘子之廟。挹瀑布之泉，以脫其埃；掬龍?zhí)吨�水，以豁其襟。已而，東望滄海，漭洋澎湃，與天無際，碧波黃沙，浮光似霓，恍出舄履之下。俯而眺之平岡長陸，虎伏龍蹲，荒蹊叢落，晻曖緣云，又皆在衽席之內(nèi)。乃劃然長嘯曰：嘻！是真異境哉。無惑乎！人物之靈，龍蛇之神，與夫仙人釋子，恢譎之觀，咸附托于是也。觀止矣！返而至其麓，有招提曰寶峰。一老頭陀真山者實為本剎上座，長跪迓。余因至其中稍偃仰焉，以復(fù)其足力。周視之，斷碑殘石，皆唐開元間法物，而廟貌榱題則煥然新也。詢其故？頭陀曰：五代初邈，不可記憶。開國統(tǒng)一既逐胡鹿，茲地始復(fù)古職方氏。隆慶丁卯，狄復(fù)入寇，此寺片瓦寸株盡付之祝融回祿之燼矣。今皇帝二年，小釋始以力募粗創(chuàng)其概，漸而金碧丹堊，以有今日。余聞之曰：噫！自遼、金、元腥擅此土，始終四百五十余年。當(dāng)其時，山川如故，而人則貿(mào)貿(mào)然，忘其華也久矣。人倫日用之常，尚不可得而有，況有所謂山水登臨之樂者哉？又安有謂尹茲土，而樂民之樂者哉？今海不揚波，仙靈安堵，登斯山也。見游民往來于此，以樵以牧，而無芻薪之虞。居民環(huán)處于此，或稼，或樹，而遂生育之樂。近而瞰乎城市、官寺、屋宇，衣冠文物如此其盛。遠(yuǎn)而望乎邊徼、城堞、樓櫓、烽堠，關(guān)隘如此其固。若是者，孰使之然歟？余今日與二三君游以恣奇觀，要不可不知所自，又不可無言以紀(jì)所自也。頭陀即具石以請，余因撮其所與言之顛末書之。”

在游覽碣石山的主峰仙臺頂時，楊于陛揮毫命筆，在仙臺頂?shù)那ж鸾^壁下題鐫有“仰止”兩字，在“南天門”處的解脫嶺之上的峭壁巖面題鐫有“憑峴一嘯”、在黑鷹峪的瀑布泉題鐫有“削壁流泉”等字。

此外，源影寺塔所在寺院失名，是他在萬歷四十八年（1620年）主持重修寺院時，以塔下有井，而“水自有源，塔自有影”，定寺名為“源影寺”，使“源影寺塔”之名留傳至今的。