據(jù)史料記載，康熙皇帝于1682年（康熙二十一年）曾到過這座山。乾隆皇帝于1754年（乾隆十九年）東巡吉林城后返京途中路經(jīng)尚無名字的壽山仙人洞附近，適逢8月13日萬壽節(jié)，飲宴慶賀之余，登高遠(yuǎn)眺，龍顏大悅，賜山名曰“扎拉芬阿林”（系滿語，意為壽山），并有“營臨西水誠瑤水，座對南山是壽山”膾炙人口的詩作廣為流傳。至今山上還有當(dāng)年乾隆皇帝、娘娘飲用的泉水“清茶館”、“娘娘盆”等遺跡。

據(jù)新編《吉林市志·文物志》記載：“1990年，吉林大學(xué)考古系師生通過初步挖掘，出土了2萬年前的更新世晚期哺乳動物和鳥類化石十余種，打制石器47件，經(jīng)中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所鑒定，其中石制品包括錘擊石片和石核、殘石片、半邊石、石錘、刮削器�！碧烊欢囱ㄗ鳛榕f石器時代原始人類最早的棲身之所，在我國廣東、湖北等地均有發(fā)現(xiàn)，巖洞多處在石巖溶洞發(fā)育地區(qū)，壽山仙人洞也是如此。1987年，吉林市地方志辦公室和吉林市文化局文物處、吉林市博物館的考古工作者前往壽山實地踏查，看到壽山“主峰海拔高度為510米，與河谷相對高度在200米左右�！毕扇硕础拔挥谥鞣逑�50米，洞口為東西向，最寬處3米多，高2.80米，洞深平緩向內(nèi)，深不可測，洞口到洞內(nèi)12米，采光良好，前8米寬敞明亮，干燥宜人，洞壁嚴(yán)密光滑，平坦明亮，適應(yīng)人類活動。

1993年5月，經(jīng)國家文物局批準(zhǔn)，吉林大學(xué)考古系、吉林省文物考古研究所主持，在中國社會科學(xué)院研究員張森水的指導(dǎo)下，聯(lián)合考察隊又一次對壽山仙人洞進(jìn)行深入的挖掘和鑒定。古人類在這里居住的年代為2萬年前的舊石器時代。在洞內(nèi)發(fā)現(xiàn)洞穴堆積文化厚度達(dá)2.6米，此次挖掘，出土古脊椎動物化石標(biāo)本700余件，其中有熊、狼、馬、羊、斑鬣狗、西伯利亞鼬、棕背鼠、鴨、雉等20余種動物的骨骼和牙齒。出土、打制的石器制品200余件，其中還有打制磨制的骨器10件�？梢姽湃祟愒诖硕淳幼〉臅r間相當(dāng)久遠(yuǎn)。

這是目前在吉林省首次發(fā)現(xiàn)的比較典型、堆積完好的一處舊石器時代人類棲憩和活動的洞穴遺址，它的海拔高度和相對高度、離水源地的距離在我國舊石器時代遺址中也是極為罕見的。仙人洞為吉林人民了解家鄉(xiāng)古人類的居住環(huán)境提供了活的考古資料，也為我國東北、東北亞的舊石器時代歷史研究和地方志的編纂，為地質(zhì)學(xué)、古人類學(xué)、古生物學(xué)、古氣候、生態(tài)環(huán)境等諸多學(xué)科的研究，提供了資料。

1992年，該遺址被列為吉林市重點文物保護(hù)單位。1999年，被列為吉林省重點文物保護(hù)單位。2013年被列為全國重點文物保護(hù)單位。