2000年7月進(jìn)根寶足球基地。多次入選國青隊(duì)，國奧隊(duì)。

2007年中國足球乙級聯(lián)賽奪冠并成功打入中國足球甲級聯(lián)賽的主力隊(duì)員。

2009年8月1日代表上海參加全國第十一屆全運(yùn)會足球男子甲組奪得冠軍的主力隊(duì)員。

2011年中甲十大新星。

2012年中甲聯(lián)賽攻入6球，入選中甲最佳陣容。

2013、2014賽季，繼續(xù)在上海東亞足球俱樂部（上海上港集團(tuán)足球隊(duì)）效力。2014賽季中超聯(lián)賽第二輪，上海上港主場對陣上海申鑫，呂文君在上半場最后時(shí)段精彩倒鉤進(jìn)球，幫助球隊(duì)反超比分。

2017年6月3日，2017賽季中超聯(lián)賽第12輪，上海上港主場迎戰(zhàn)遼寧沈陽開新。最終，憑借胡爾克的梅開二度和“文武”組合的各進(jìn)一球，上港主場4-1大勝對手。本場比賽，對于替補(bǔ)登場的呂文君來說，可謂意義重大，這是呂文君代表上海上港出戰(zhàn)的第100場比賽，能夠在如此重要的日子里取得進(jìn)球，可以說再美好不過了。

2018年1月23日，上海上港2018亞冠聯(lián)賽資格賽最終報(bào)名名單發(fā)布，呂文君入選。

以上數(shù)據(jù)來源：

參加比賽

中鋒出身的他背身拿球出色，速度快，能護(hù)球，敢突破，腳下技術(shù)嫻熟。在左邊前衛(wèi)的位置上，常常利用速度和變向帶球切入傳中，為隊(duì)友創(chuàng)造機(jī)會。作為球隊(duì)的任意球第一主罰手，其經(jīng)常能夠上演百步穿楊的好戲；

在2010年亞運(yùn)會對陣吉爾吉斯斯坦的比賽中打入扳平比分的一球，也為中國國家隊(duì)的勝利提供了原動力。2012賽季中甲上半賽季最后一輪正是憑借他在補(bǔ)時(shí)最后一分鐘絕殺廣東日之泉，球隊(duì)才驚險(xiǎn)拿到3分。

日前，亞足聯(lián)官網(wǎng)公布了一批紀(jì)律處罰名單。其中，中超上海上港俱樂部球員呂文君因在亞冠1/4決賽中的危險(xiǎn)動作，被罰停賽兩場，并需要繳納1000美元的罰款。這兩場停賽將在下賽季的亞冠比賽中執(zhí)行。

在9月13日的亞冠1/4決賽次回合，上港客場對陣全北現(xiàn)代的比賽中，下半場比賽進(jìn)行到第74分鐘，呂文君在射門完成的同時(shí)，他的腳也踹到了全北球員金亨鎰的頭部。隨后，呂文君被當(dāng)值主裁判出示紅牌罰下。

根據(jù)亞足聯(lián)紀(jì)律章程的相關(guān)條款，呂文君被亞足聯(lián)處以2場的停賽。由于上港已經(jīng)在本賽季的亞冠聯(lián)賽中出局，這兩場停賽將在下賽季的亞冠聯(lián)賽中執(zhí)行。此外，他還需要在本通知下達(dá)的30天內(nèi)繳納1000美元的罰款。

2017年2月，呂文君因在上賽季亞冠1/4決賽次回合染紅，且被亞足聯(lián)追加停賽2場。亞足聯(lián)向中國足協(xié)、上港俱樂部致電確認(rèn)，呂文君將無緣新賽季亞冠附加賽。若上港順利進(jìn)入小組賽，呂文君也將無緣小組首戰(zhàn)。