隋末，率鄉(xiāng)曲數(shù)百人歸附李密，李密很高興，對他說：“昔稱汝潁多奇士，故非謬也�！绷钆c李績守黎陽。后李密落敗，李績令孝恪入唐，封陽翟郡公，拜宋州刺史。令與李績經(jīng)營武牢以東，所得州縣，委以選補。其后，竇建德率眾來援王世充，孝恪于青城宮進策于李世民曰：“世充日踧月迫，力盡計窮，懸首面縛，翹足可待。建德遠來助虐，糧運阻絕，此是天喪之時。請固武牢，屯軍汜水，隨機應變，則易為克殄�！碧�宗同意了他的計策。擊敗竇建德，平王世充之后，太宗于洛陽置酒高會諸將曰：“郭孝恪謀擒建德之策，王長先龍門下米之功，皆出諸人之右也�！�

　　歷遷貝、趙、江、涇四州刺史，所在有能名。入為太府少卿，轉(zhuǎn)左驍衛(wèi)將軍。貞觀十六年，累授金紫光祿大夫，行安西都護、西州刺史。其地高昌舊都，士流與流配及鎮(zhèn)兵雜處，又限以沙磧，與中國隔絕。孝恪推誠撫御，大獲其歡心。初，王師之滅高昌也，制以高昌所虜焉耆生口七百盡還之。焉耆王尋叛歸欲谷可汗，朝貢稀至。令孝恪伺其機便，因表請擊之。以孝恪為安西道行軍總管，率步騎三千出銀山道以伐焉耆。孝恪夜襲其城，虜其王龍突騎支。太宗大悅，璽書勞之曰：“卿破焉耆，虜其偽王，功立威行，深副所委。但焉耆絕域，地阻天山，恃遠憑深，敢懷叛逆。卿望崇位重，報效情深，遠涉沙場，龔行罰罪。取其堅壁，曾不崇朝；再廓游魂，遂無遺寇。纟面思竭力，必大艱辛。超險成功，深足嘉尚。”

　　不久又以孝恪為昆丘道副大總管討伐龜茲，破其都城。由郭孝恪留守，其余部隊分道前進，龜茲國相那利率眾遁逃。孝恪以城外未服從的原因，出營于外，有龜茲人來謂孝恪曰：“那利為相，人心素歸，今亡在野，必思為變。城中之人，頗有異志，公宜備之�！毙�恪不以為虞。那利等果率眾萬余，陰與城內(nèi)降胡表里為應。孝恪失于警候，賊將入城鼓噪，孝恪始覺之，乃率部下千余人入城，與賊合戰(zhàn)。城中人復應那利，攻孝恪。孝恪力戰(zhàn)而入，至其王所居，旋復出，戰(zhàn)于城門，中流矢而死，孝恪子待詔亦同死于陣。賊竟退走，將軍曹繼叔復拔其城。太宗聞之，初責孝恪不加警備，以致顛覆；后又憐之，為其家舉哀。唐高宗即位，追贈安西都護、陽翟郡公，待詔贈游擊將軍，仍賻物三百段。孝恪性奢侈，仆妾器玩，務極鮮華，雖在軍中，床帳完具。嘗以遺行軍大總管阿史那社爾，社爾一無所受。太宗聞之曰：“三將優(yōu)劣之不同也。郭孝恪今為寇虜所屠，可謂自貽伊咎耳。”次子待封，高宗時，官至左豹韜衛(wèi)將軍。咸亨中，與薛仁貴率兵討吐蕃，于大非川戰(zhàn)敗，減死除名。少子待聘，長安中官至宋州刺史。