因為他的父親在他出生前兩周早逝，所以他成為葡萄牙君主列表|葡萄牙王位的繼任人，他于三年后繼承王位。當(dāng)他還是嬰兒的時候，由屬于西班牙哈布斯堡王朝的祖母卡特林娜攝政，1552 年以后，由叔祖埃武拉公爵紅衣主教恩里克 葡萄牙恩里克攝政。這段時期，葡萄牙帝國擴展至安哥拉、莫桑比克、馬六甲及澳門。

他童年時受到耶穌會的深厚影響，是個神秘主義者，且曾經(jīng)試過長時間的打獵及守齋。他身體上和精神上都患有疾病很少過問政事，整日沉湎于占領(lǐng)和擴張基督教的夢幻里。他相信自己會成為一個以耶穌之名征服非洲穆斯林的統(tǒng)帥。他的頭等大事是占領(lǐng)摩洛哥。

他于1568年親政 ，親征后不久，并且在沒有子嗣的情況下，他助手對摩洛哥的菲斯進行一場圣戰(zhàn)，西班牙的腓力二世 (西班牙)|菲利佩二世拒絕參與這次戰(zhàn)爭，并把他的女兒與塞巴斯蒂昂的婚期押后。

1574年，他首次進攻摩洛哥即告失敗，但他的狂熱絲毫未減。

1578年夏季他又準備好一支侵略軍，這支軍隊缺乏戰(zhàn)斗力，紀律松弛，組織渙散。他與摩洛哥被廢的素丹阿布·阿卜杜拉·穆罕默德二世 (摩洛哥)|穆罕默德·穆泰瓦基勒連手率領(lǐng)這支軍隊在丹吉爾登陸，他拒絕接納手下的建議，獨自深入敵人領(lǐng)地。8月4日在馬哈贊河附近的阿爾卡塞爾·吉比爾（Al Quasr al-kibr）與摩洛哥素丹阿卜杜爾·馬利克一世 (摩洛哥)|阿卜杜爾·馬利克一世展開了葡萄牙歷史上最慘痛的戰(zhàn)役。摩洛哥軍隊雖裝備略遜一酬，但進攻十分兇猛，塞巴斯蒂昂率領(lǐng)的葡萄牙軍隊只好撤退，他在橫渡馬哈贊河時 溺死，終年24歲。阿卜杜拉·馬利克一世 (摩洛哥)|阿卜杜拉·馬利克一世也因重病于次日去世，這場戰(zhàn)爭在歷史上被稱為“三國王之戰(zhàn)”。

塞巴斯蒂昂雖然戰(zhàn)死，但是在葡萄牙人的心目中，他只是失蹤了。他的失蹤變成葡萄牙愛國者眼中的傳奇，他成為“沉睡的國王”，總會在葡萄牙最危急的關(guān)頭出現(xiàn)，像英國的阿瑟王、德國的腓特烈一世一樣。在西班牙的占領(lǐng)期當(dāng)中，前后有三個人冒認塞巴斯蒂昂，最后一個是意大利人，在1619年被處決。直到19世紀，在巴西瑟道一些仍然信奉塞巴斯蒂昂的[[農(nóng)民]]還相信他會出現(xiàn)對付無神論的巴西共和國。 塞巴斯蒂昂是個近親家庭聯(lián)婚的產(chǎn)物，他只有四個曾祖父母，而且三個都是若昂一世的后代。在他的艾維茲王室中有不少瘋子，他還是著名的西班牙女王“瘋女”胡安娜 (卡斯蒂利亞)|胡安娜的曾孫。雖然如此，但是這個王室仍然受到人民的愛戴并且把葡萄牙帶到黃金年代，直至若昂三世的兩名兒子都無力延續(xù)王位。塞巴斯蒂昂死后，曼努埃爾一世 (葡萄牙)|曼努埃爾一世的后代中只剩下64歲且沒有子嗣的紅衣主教恩里克 (葡萄牙)|恩里克。他繼承了王位。第三年，葡萄牙被西班牙兼并。