《水星領航員》中的世界設定為24世紀的火星。在150年前火星地球化改造之下，堆積在極冠的冰層融化，使地表的9成以上被海水覆蓋。使寸草不生的火星脫胎換骨變成為水的星球，成為了豐富的自然資源和適合人類生活，同時也被稱為“水星”。

角色的主要舞臺為新威尼斯（Neo Venezia），是將地球的威尼斯轉(zhuǎn)移到火星新亞得里亞海中的島嶼上，并保留了許多威尼斯的風俗習慣和傳統(tǒng)。新威尼斯也和威尼斯一樣禁止汽車進入。雖然地球的威尼斯早在21世紀前半段就因異常高的潮汐（Acqua Alta）而沉沒水中。但包括弗羅里安咖啡館在內(nèi)的許多歷史性建筑物之后都移建到火星的新威尼斯。

新亞得里亞海是個境內(nèi)有許多大小不同島嶼的島海。新威尼斯是其中之一，其他島嶼也建立了不同于新威尼斯的獨特文化。來自地球的移民，在火星地球化以后，依國別各自分配到一個島嶼。因此各個島嶼都建造了以故鄉(xiāng)為基礎的文化村。彼此間沒有政治性的邊界，只要相鄰就可以搭船自由出入。因日本村也是新威尼斯的鄰近島嶼之一，所以經(jīng)常會在作品中登場。其中也有很多無人開放的小島，像亞利亞社長所發(fā)現(xiàn)的夢幻島那種美麗的秘密景點。