1959年從南京大學(xué)歷史系畢業(yè)，1963年從南京大學(xué)歷史系研究生畢業(yè)，旋即留校任教。1984至1988年任南京大學(xué)歷史系主任，1986年任南京大學(xué)歷史系教授，同時(shí)擔(dān)任全國(guó)哲學(xué)社會(huì)科學(xué)“七五”規(guī)劃小組成員。1988年，邱樹森任西北第二民族學(xué)院（現(xiàn)北方民族大學(xué)）歷史系教授兼系主任，1989年任國(guó)家民委學(xué)術(shù)委員會(huì)委員，1992年起享受國(guó)務(wù)院特殊津貼。1993年，邱樹森調(diào)入暨南大學(xué)，先后擔(dān)任歷史系教授兼系主任、中國(guó)文化史籍研究所教授，曾擔(dān)任暨南大學(xué)學(xué)位委員會(huì)委員、歷史分會(huì)主席。退休后，邱樹森受聘為澳門科技大學(xué)客座教授。

擔(dān)任《中國(guó)大百科全書·歷史卷》元史分冊(cè)副主編，《中國(guó)歷史大辭典·遼夏金元史卷》《中國(guó)元史大辭典》主編。目前側(cè)重于民族史、元史、蒙古名、回族史的研究。主要論著《關(guān)于評(píng)價(jià)成吉思汗的幾個(gè)問題》，《光明日?qǐng)?bào)·史學(xué)》1979年9月11日《元朝史話》，中國(guó)青年出版社，1981年《元朝史》，韓儒林主編，人民出版社，1986年《成吉思汗》，《中華民族杰出人物之五》，中國(guó)青年出版社，1986年《妥歡帖睦爾傳》，吉林教育出版社。民族史專著有《中國(guó)回族史》、《中國(guó)少數(shù)民族簡(jiǎn)史》等6種，主編《中國(guó)歷代職官辭典》等辭書10余種，發(fā)表學(xué)術(shù)論文百余篇，還擔(dān)任《大學(xué)歷史叢書》副主編、《全國(guó)民族院校歷史教材》主編，主編大學(xué)歷史教材《新編中國(guó)通史》(四卷本)、《中華古代史》、《元朝簡(jiǎn)史》等多種。

獲國(guó)家圖書獎(jiǎng)、全國(guó)民族圖書一等獎(jiǎng)、國(guó)家教委、教育部人文社會(huì)科學(xué)成果獎(jiǎng)、江蘇、寧夏、廣東社會(huì)科學(xué)成果獎(jiǎng)共14項(xiàng)。學(xué)術(shù)著作在國(guó)內(nèi)外有較大影響，受到《劍橋中國(guó)明代史》等好評(píng)。在教學(xué)上，邱教授積極開拓領(lǐng)域，開設(shè)跨學(xué)科新課程，多次受到表彰。1992年起享受政府特殊津貼。

2019年11月20日6時(shí)15分，因病醫(yī)治無效在廣州逝世，享年83歲。