之后移居堺的祐兵，將御家再興的夢想賭在了秀吉的身上。擁有很多朋友的祐兵，成為了信長的家來眾之一，得以接近秀吉。出仕信長后，祐兵極力接近秀吉，并為自己御家再興之道四處游說，最后親自跑到姬路要求出仕秀吉。

在攻擊毛利的備中高松城時，秀吉收到了信長死去的悲報，接到消息后的秀吉馬上作出與毛利和談的決定，當時曾決定派遣祐兵擔任使者與高松城和談，后來決定派遣長谷川宗仁。結(jié)果以高松城主清水宗治一人切腹的條件與毛利講和，在如此急迫的時候派遣使者去毛利方，對于使者的選擇必須慎重。

使者選擇方面，秀吉各人的意向不一，最后經(jīng)黑田官兵衛(wèi)的推舉派遣伊東祐兵擔任使者，與小早川隆景會面。山崎合戰(zhàn)中，祐兵討取了敵將的首級，獲得的秀吉賜予的“からくり竜之槍”，后來又因為踐岳的戰(zhàn)功拜領了半田鄉(xiāng)（枚方）的五百石領地。

在島津征伐戰(zhàn)中由于立下功勞而被轉(zhuǎn)封沃肥城，實現(xiàn)了御家再興的愿望。朝鮮出兵時歸屬毛利配下在連川城、朔寧、古毛宇城等的戰(zhàn)斗中奮戰(zhàn)，并在南原城攻擊戰(zhàn)中立下大功，在內(nèi)部人謀反之前發(fā)覺，并進行很好的防備。關原合戰(zhàn)時加入了東軍一側(cè)。

日向國內(nèi)祐兵加入東軍，但周圍大都是西軍的人，考慮到形勢不利，為了伊東家的興隆，祐兵攻擊了宮崎城、佐土原城，并成功奪下佐土原城，后又成功攻下高橋元種的宮崎城。之后又參加了家康的上杉景勝討伐戰(zhàn)，向家康顯示恭順的姿態(tài)，從而成功地保留了沃肥的領地。

由于早先的領地是秀吉賜予的，德川幕府成立后，伊東氏又屬于豐臣系的大名，當時的外樣的改易、轉(zhuǎn)封又相當頻繁，祐兵死后沃肥藩也得到了最大的危機。也許是由于祐兵的奇遇和保祐，沃肥藩最終沒有被改易。